Często: hipoglikemia, ból głowy. Niezbyt często: zawroty głowy, zaparcia, świąd. Rzadko: trombocytopenia. Częstość nieznana: reakcje nadwrażliwości (w tym odpowiedzi anafilaktyczne), śródmiąższowa choroba płuc, wymioty, ostre zapalenie trzustki, martwicze lub krwotoczne zapalenie trzustki ze skutkiem śmiertelnym lub bez, obrzęk naczynioruchowy, wysypka, pokrzywka, zapalenie naczyń skóry, złuszczające choroby skóry (w tym zespół Stevensa-Johnsona), pemfigoid pęcherzowy, bóle stawów, bóle mięśni, bóle pleców, artropatia, zaburzenia czynności nerek, ostra niewydolność nerek. Zgłaszano ciężkie działania niepożądane (w tym zapalenie trzustki i reakcje nadwrażliwości) oraz występowanie hipoglikemii podczas stosowania leku w skojarzeniu z pochodnymi sulfonylomocznika (4,7–13,8%) i insuliną (9,6%). Oprócz przedstawionych powyżej działań niepożądanych związanych ze stosowaniem leku, działania niepożądane zgłaszane niezależnie od związku przyczynowego z lekiem występowały z częstością, co najmniej 5% i u pacjentów leczonych sytagliptyną obejmowały zakażenia górnych dróg oddechowch oraz zapalenie błony śluzowej nosogardła. Dodatkowe działania niepożądane zgłaszane niezależnie od związku przyczynowego z lekiem, które występowały częściej u pacjentów leczonych sytagliptyną (bez osiągnięcia poziomu 5%, ale występujące z częstością o 0,5% większą u pacjentów leczonych sytagliptyną niż w grupie kontrolnej), obejmowały zapalenia kości i stawów oraz ból kończyn. Obserwowano większą częstość występowania niektórych działań niepożądanych przy stosowaniu sytagliptyny w skojarzeniu z innymi lekami przeciwcukrzycowymi w porównaniu z badaniami sytagliptyny stosowanej w monoterapii. Obejmowały one hipoglikemię (działanie niepożądane występowało bardzo często w leczeniu skojarzonym z pochodnymi sulfonylomocznika i metforminą), grypę (często przy stosowaniu z insuliną (zarówno z metforminą, jak i bez niej), nudności i wymioty (często przy stosowaniu z metforminą), wzdęcia (często przy stosowaniu z metforminą lub pioglitazonem), zaparcia (często w leczeniu skojarzonym z pochodnymi sulfonylomocznika i metforminą), obrzęki obwodowe (często przy stosowaniu z pioglitazonem oraz w leczeniu skojarzonym z pioglitazonem i metforminą), senność i biegunkę (niezbyt często przy stosowaniu z metforminą) oraz suchość w ustach (niezbyt często przy stosowaniu z insuliną - zarówno z metforminą, jak i bez niej). W badaniach klinicznych prowadzonych z zastosowaniem sytagliptyny u dzieci i młodzieży z cukrzycą typu 2 w wieku od 10 do 17 lat profil działań niepożądanych był porównywalny do profilu obserwowanego u dorosłych.