Chlorowodorek donepezylu ani żaden z jego metabolitów nie hamuje metabolizmu teofiliny, warfaryny, cymetydyny ani digoksyny u ludzi. Jednoczesne podawanie digoksyny lub cymetydyny nie ma wpływu na metabolizm donepezylu. W badaniach in vitro wykazano, że w metabolizmie donepezylu uczestniczą izoenzymy cytochromu P450 3A4 i, w mniejszym stopniu, 2D6. W badaniach in vitro, wykazano, że ketokonazol i chinidyna, będące inhibitorami odpowiednio CYP3A4 i 2D6, hamują metabolizm donepezylu. Dlatego te i inne inhibitory CYP3A4, takie jak itrakonazol i erytromycyna, oraz inhibitory CYP2D6, takie jak fluoksetyna, mogą hamować metabolizm donepezylu. W badaniu prowadzonym z udziałem zdrowych ochotników, ketokonazol zwiększał średnie stężenia donepezylu o około 30%. Induktory enzymów, jak np. ryfampicyna, fenytoina, karbamazepina i alkohol zmniejszają stężenie donepezylu. Ponieważ nie jest znany stopień działania hamującego ani indukującego, należy zachować ostrożność przy jednoczesnym stosowaniu tych leków z donepezylem. Chlorowodorek donepezylu może zaburzać działanie leków o działaniu antycholinergicznym. Może wystąpić synergizm działania przy jednoczesnym stosowaniu sukcynylocholiny, innych leków hamujących przewodnictwo nerwowo-mięśniowe lub agonistów cholinergicznych, lub leków beta-adrenergiczne wpływających na układ przewodzący serca. Po podaniu donepezylu zgłaszano przypadki wydłużenia odstępu QTc i torsade de pointes. Należy zachować ostrożność, gdy donepezyl jest stosowany w skojarzeniu z innymi lekami, o których wiadomo, że wydłużają odstęp QTc i może być wymagane monitorowanie kliniczne (EKG). Przykłady obejmują: leki przeciwartytmiczne klasy IA (np. chinidyna), leki przeciwarytmiczne klasy III (np. amodaron, sotalol), niektóre leki przeciwdepresyjne (np. cytalopram, escytalopram, amitryptylina), inne leki przeciwpsychotyczne (np. pochodne fenotiazyny, sertyndol, pimozyd, zyprazydon), niektóre antybiotyki (np. klarytromycyna, erytromycyna, lewofloksacyna, moksyfloksacyna).