Zmniejszenie aktywacji cyklofosfamidu może zmienić skuteczność leczenia. Do substancji, które opóźniają aktywację cyklofosfamidu zalicza się: aprepitant, bupropion, busulfan, ciprofloksacyna (zastosowanie ciprofloksacyny przed leczeniem cyklofosfamidem może spowodować nawrót choroby zasadniczej), chloramfenikol, flukonazol, itrakonazol, prasugrel, sulfonamidy, tiotepa. Zwiększenie stężenia cytotoksycznych metabolitów cyklofosfamidu może wystąpić przy podawaniu takich substancji jak: allopurinol, wodzian chloralu, cymetydyna, disulfiram, aldehyd glicerynowy, induktory ludzkich wątrobowych i pozawątrobowych enzymów mikrosomalnych np. cytochrom P450 enzymów (w przypadku uprzedniego lub jednoczesnego leczenia substancjami, które wywołują zwiększoną aktywność wątrobowych i pozawątrobowych enzymow mikrosomalnych, takimi jak ryfampicyna, fenobarbital, karbamazepina, fenytoina, ziele dziurawca i kortykosteroidy, należy wziąć pod uwagę możliwość indukcji tych enzymów), inhibitory proteaz, ondansetron. Nasilone działanie toksyczne na krew i układ krwiotwórczy i (lub) immunosupresja mogą być wynikiem łącznego efektu działania cyklofosfamidu oraz: inhibitorów konwertazy angiotensyny (ACE), natalizumabu, paklitakselu, tiazydowych leków moczopędnych, zydowudyny. Nasilenie działania kardiotoksycznego może być wynikiem łącznego efektu działania cyklofosfamidu oraz: antybiotyków antracyklinowych, cytarabiny, pentostatyny, radioterapii okolic serca, trastuzumabu. Nasilenie działania toksycznego na płuca może być wynikiem łącznego efektu działania cyklofosfamidu oraz: amiodaronu, G-CSF, GM-CSF (czynnik wzrostu kolonii granulocytów, czynnik wzrostu kolonii granulocytów i makrofagów). Nasilenie działania nefrotoksycznego może być wynikiem łącznego efektu działania cyklofosfamidu oraz: amfoterycyny B, indometacyny. Nasilenie innych działań toksycznych: azatiopryna (zwiększone ryzyko hepatotoksyczności), busulfan (zwiększona częstość występowania choroby wenookluzyjnej wątroby i zapalenia błony śluzowej jamy ustnej), inhibitory proteaz (zwiększona częstość występowania zapalenia błony śluzowej jamy ustnej). U zwierząt z nowotworami, którym podawano etanol (alkohol) i jednocześnie doustnie, małe dawki cyklofosfamidu zaobserwowano jego zmniejszone działanie przeciwnowotworowe. U niektórych pacjentów, alkohol może nasilić wymioty i nudności wywołane cyklofosfamidem. U pacjentów z ziarniniakiem Wegenera, włączenie etanerceptu do standardowego leczenia, w skład którego wchodził cyklofosfamid, wiązało się z większą częstością występowania złośliwych guzów litych w innej lokalizacji niż na skórze. U pacjenta przyjmującego cyklofosfamid i metronidazol odnotowano ostrą encefalopatię. Związek przyczynowy nie jest jasny. W badaniach na zwierzętach, łączne podawanie cyklofosfamidu z metronidazolem związane było ze zwiększoną toksycznością cyklofosfamidu. Jednoczesne stosowanie tamoksifenu i chemioterapii może zwiększać ryzyko powikłań zakrzepowo-zatorowych. Metabolizm cyklofosfamidu przez CYP2B6 może hamować metabolizm bupropionu. U pacjentów przyjmujących warfarynę i cyklofosfamid zgłaszano zarówno nasilenie, jak i osłabienie efektu działania warfaryny. U pacjentów otrzymujących cyklofosfamid w połączeniu z cyklosporyną zgłaszano zmniejszone stężenie cyklosporyny w surowicy krwi w porównaniu do pacjentów otrzymujących samą cyklosporynę. W wyniku tej interakcji może zwiększyć się częstość występowania choroby „przeszczep przeciw gospodarzowi”. Leczenie cyklofosfamidem powoduje znaczące i trwałe hamowanie aktywności cholinoesterazy. Jeżeli jednocześnie stosuje się depolaryzujące leki zwiotczające mięśnie (np. sukcynylocholinę) może dochodzić do przedłużonych okresów bezdechu. Jeśli pacjent był leczony cyklofosfamidem w ciągu 10 dni przed poddaniem się znieczuleniu ogólnemu, należy poinformować o tym anestezjologa. Zaobserwowano, że leczenie cytotoksyczne zaburza jelitową absorbcję tabletek digoksyny i β-acetylodigoksyny. Ponieważ cyklofosfamid działa immunosupresyjnie można spodziewać się zmniejszonej odpowiedzi na szczepienie. Stosowanie szczepionki zawierającej żywe wirusy może prowadzić do zakażenia indukowanego szczepionką. Zaobserwowano, że leczenie cytotoksyczne zaburza jelitową absorbcję werapamilu podawanego doustnie.