Przeciwwskazane jest stosowanie flukonazolu z cyzaprydem, astemizolem, pimozydem, chinidyną, erytromycyną, terfenadyną, ze względu na ryzyko wydłużenia odstępu QT i wystąpienia ciężkich zaburzeń rytmu serca, w tym torsade de pointes. Można rozważyć stosowanie z terfenadyną, jeżeli dawka flukonazolu jest mniejsza niż 400 mg/dobę - w takim przypadku pacjentów należy dokładnie monitorować. Jednoczesne stosowanie flukonazolu z amiodaronem może prowadzić do zwiększenia wydłużenia odstępu QT - należy zachować ostrożność, szczególnie w przypadku stosowania dużych dawek flukonazolu (800 mg). Nie zaleca się stosowania z haloftaryną, ze względu na potencjalne ryzyko zwiększenia kardiotoksyczności. Flukonazol zwiększa stężenie ibrutynibu w osoczu i może zwiększać ryzyko toksyczności; jeśli nie można uniknąć jednoczesnego stosowania, należy zmniejszyć dawkę ibrutynibu do 280 mg raz na dobę (2 kaps.) w trakcie stosowania inhibitora oraz ściśle monitorować stan kliniczny pacjenta. Jednoczesne stosowanie z iwakaftorem, wzmacniającym białko zwane przezbłonowym regulatorem przewodnictwa (CFTR) zwiększa ekspozycję na iwakaftor 3-krotnie i zwiększa ekspozycję na hydroksymetyl-iwakaftor (M1) 1,9-krotnie. Konieczne jest zmniejszenie dawki iwakaftoru zgodnie z ChPL (stosowanego w monoterapii lub w skojarzeniu). Flukonazol zwiększa stężenie olaparybu w osoczu; jednoczesne stosowanie nie jest zalecane. Jeśli nie można uniknąć jednoczesnego stosowania, należy zmniejszyć dawkę olaparybu do 200 mg 2 razy na dobę. W przypadku stosowania tofacytynibu z innymi lekami umiarkowanie hamującymi aktywność CYP3A4 i jednocześnie silnie hamującymi aktywność CYP2C19 (np. z flukonazolem), ekspozycja na tofacytynib jest zwiększona; zaleca się zmniejszenie dawki tofacytynibu do 5 mg raz na dobę, w razie podawania obu leków jednocześnie. W przypadku jednoczesnego stosowania tolwaptanu, substratu CYP3A4, z flukonazolem, umiarkowanym inhibitorem CYP3A4, ekspozycja na tolwaptan jest istotnie zwiększona (200% AUC; 80% Cmax), co wiąże się z ryzykiem znacznego zwiększenia możliwości wystąpienia działań niepożądanych, szczególnie znacznej diurezy, odwodnienia i ostrej niewydolności nerek. W przypadku jednoczesnego stosowania, dawka tolwaptanu powinna zostać zmniejszona zgodnie z zaleceniami z ChPL, a pacjent powinien być często monitorowany pod kątem wystąpienia jakichkolwiek działań niepożądanych związanych ze stosowaniem tolwaptanu. Flukonazol jest silnym inhibitorem CYP2C9 i umiarkowanym inhibitorem CYP3A4 oraz inhibitorem CYP2C19, może zatem zwiększać stężenie, nasilać działanie i toksyczność leków metabolizowanych przez te izoenzymy, m.in.: alfentanylu, fentanylu (ryzyko depresji oddechowej); amitryptyliny, nortryptyliny; leków przeciwzakrzepowych z grupy kumaryn (ryzyko wydłużenia czasu protrombinowego i krwawień; należy kontrolować parametry krzepnięcia); krótkodziałających benzodiazepin (midazolamu, triazolamu); karbamazepiny; antagonistów kanału wapniowego (nifedypiny, isradypiny, amlodypiny, felodypiny, werapamilu); celekoksybu (dawkę celekoksybu zmniejszyć o 1/2); cyklosporyny; cyklofosfamidu (monitorować stężenie kreatyniny i bilirubiny we krwi); inhibitorów reduktazy HMG-CoA (atorwastatyny, fluwastatyny, symwastatyny - ryzyko wystąpienia miopatii i rabdomiolizy; w przypadku zwiększenia aktywności kinazy kreatynowej lub podejrzenia rabdomiolizy należy przerwać stosowanie inhibitora reduktazy HMG-CoA; może być konieczne stosowanie mniejszych dawek inhibitorów reduktazy HMG-CoA, zgodnie z dostępnymi informacjami dotyczącymi przepisywania statyn); losartanu (należy stale kontrolować ciśnienie tętnicze krwi); lurazydonu (możliwe jest zwiększenie stężenie lurazydonu w osoczu; jeśli nie można uniknąć jednoczesnego stosowania, należy zmniejszyć dawkę lurazydonu); metadonu; NLPZ (fluribuprofenu, ibuprofenu, naproksenu, lornoksykamu, meloksykamu, diklofenaku); fenytoiny; ryfabutyny (ryzyko wystąpienia zapalenia błony naczyniowej oka); sakwinawiru; pochodnych sulfonylomocznika (chlorpropamidu, glibenklamidu, gliklazydu, tolbutamidu - należy częściej kontrolować stężenie glukozy we krwi); ewerolimusu, syrolimusu i takrolimusu (ryzyko nefrotoksyczności); teofiliny; alkaloidów barwinka (winkrystyny i winblastyny- ryzyko neurotoksyczności); zydowudyny; worykonazolu. W przypadku jednoczesnego stosowania z flukonazolem należy dostosować dawkę abrocytynibu zgodnie z zaleceniami dla pacjenta dotyczącymi dawkowania abrocytynibu. Podczas jednoczesnego stosowania flukonazolu i ww. leków należy uważnie monitorować pacjenta pod kątem objawów niepożądanych tych leków lub monitorować ich stężenie we krwi; może zaistnieć konieczność zmniejszenia dawek ww. leków; hamujący aktywność enzymu wpływ flukonazolu może utrzymywać się przez 4-5 dni po zakończeniu leczenia, z powodu długiego okresu półtrwania flukonazolu. U pacjentów długotrwale leczonych flukonazolem i kortykosteroidami (np. prednizolonem) należy kontrolować, czy po odstawieniu flukonazolu nie występują objawy niewydolności kory nadnerczy. Flukonazol można stosować w skojarzeniu z witaminą A, jednak należy brać pod uwagę możliwość występowania działań niepożądanych ze strony OUN. Flukonazol może zwiększać AUC etynyloestradiolu i lewonorgestrelu, jest jednak bardzo mało prawdopodobne, aby wpływał na skuteczność złożonych doustnych środków antykoncepcyjnych. W przypadku jednoczesnego stosowania z amfoterycyną B należy obserwować skuteczność działania (obserwowano niewielkie addycyjne działanie przeciwgrzybicze w przypadku zakażenia C. albicans, brak interakcji w przypadku zakażenia Cryptococcus neoformans oraz antagonizm obu leków w przypadku zakażenia A. fumigatus). Ryfampicyna zmniejsza AUC i skraca T0,5 flukonazolu odpowiednio o 25 i 20% (należy rozważyć zwiększenie dawki flukonazolu). Nie zaobserwowano istotnych klinicznie interakcji farmakokinetycznych pomiędzy flukonazolem i azytromycyną. Pokarm, cymetydyna, preparaty zobojętniające sok żołądkowy oraz napromieniowanie całego ciała przed przeszczepem szpiku nie wpływają w klinicznie istotny sposób na wchłanianie doustnych postaci flukonazolu.