Przeciwwskazane jest stosowanie flukonazolu z cyzaprydem, astemizolem, pimozydem, chinidyną, erytromycyną, terfenadyną, ze względu na ryzyko wydłużenia odstępu QT i wystąpienia ciężkich zaburzeń rytmu serca, w tym torsade de pointes. Można rozważyć stosowanie z terfenadyną, jeżeli dawka flukonazolu jest mniejsza niż 400 mg/dobę - w takim przypadku pacjentów należy dokładnie monitorować. Nie zaleca się stosowania z haloftaryną, ze względu na potencjalne ryzyko zwiększenia kardiotoksyczności. Flukonazol jest silnym inhibitorem CYP2C9 i umiarkowanym inhibitorem CYP3A4 oraz inhibitorem CYP2C19, może zatem zwiększać stężenie, nasilać działanie i toksyczność leków metabolizowanych przez te izoenzymy, m.in.: alfentanylu, fentanylu (ryzyko depresji oddechowej); amitryptyliny, nortryptyliny; leków przeciwzakrzepowych z grupy kumaryn (ryzyko wydłużenia czasu protrombinowego i krwawień; należy kontrolować parametry krzepnięcia); krótkodziałających benzodiazepin (midazolamu, triazolamu); inhibitorów CYP2C19 (np. omeprazol, esomeprazol, flukonazol, fluwoksamina, lanzoprazol, tyklopidyna) oraz z cymetydyną (może być konieczne zmniejszenie dawki cytalopramu, escytalopramu na podstawie monitorowania działań niepożądanych podczas jednoczesnego leczeni); karbamazepiny; antagonistów wapnia (nifedypiny, izradypiny, amlodypiny, felodypiny, werapamilu); celekoksybu (dawkę celekoksybu zmniejszyć o 1/2); cyklosporyny; cyklofosfamidu (monitorować stężenie kreatyniny i bilirubiny we krwi); inhibitorów reduktazy HMG-CoA (atorwastatyny, symwastatyny, fluwastatyny - ryzyko wystąpienia miopatii i rabdomiolizy; w przypadku zwiększenia aktywności kinazy kreatynowej lub podejrzenia rabdomiolizy należy przerwać stosowanie inhibitora reduktazy HMG-CoA); losartanu (zalecane monitorowanie ciśnienia); metadonu; NLPZ (fluribuprofenu, ibuprofenu, naproksenu, lornoksykamu, meloksykamu, diklofenaku); fenytoiny; ryfabutyny (ryzyko wystąpienia zapalenia błony naczyniowej oka); sakwinawiru; pochodnych sulfonylomocznika (chlorpropamidu, glibenklamidu, gliklazydu, tolbutamidu - należy częściej kontrolować stężenie glukozy we krwi); ewerolimusu, syrolimusu i takrolimusu (ryzyko nefrotoksyczności); teofiliny; alkaloidów barwinka (winkrystyny i winblastyny- ryzyko neurotoksyczności); zydowudyny; worykonazolu. Podczas jednoczesnego stosowania flukonazolu i ww. leków należy uważnie monitorować pacjenta pod kątem objawów niepożądanych tych leków lub monitorować ich stężenie we krwi; może zaistnieć konieczność zmniejszenia dawek ww. leków; hamujący aktywność enzymu wpływ flukonazolu może utrzymywać się przez 4-5 dni po zakończeniu leczenia, z powodu długiego okresu półtrwania flukonazolu. U pacjentów długotrwale leczonych flukonazolem i kortykosteroidami (np. prednizolonem) należy kontrolować, czy po odstawieniu flukonazolu nie występują objawy niewydolności kory nadnerczy. Flukonazol można stosować w skojarzeniu z witaminą A, jednak należy brać pod uwagę możliwość występowania działań niepożądanych ze strony OUN. Flukonazol może zwiększać AUC etynyloestradiolu i lewonorgestrelu, jest jednak bardzo mało prawdopodobne, aby wpływał na skuteczność złożonych doustnych środków antykoncepcyjnych. W przypadku jednoczesnego stosowania z amfoterycyną B należy obserwować skuteczność działania (obserwowano niewielkie addycyjne działanie przeciwgrzybicze w przypadku zakażenia C. albicans, brak interakcji w przypadku zakażenia Cryptococcus neoformans oraz antagonizm obu leków w przypadku zakażenia A. fumigatus). Ryfampicyna zmniejsza AUC i skraca T0,5 flukonazolu odpowiednio o 25 i 20% (należy rozważyć zwiększenie dawki flukonazolu). Nie zaobserwowano istotnych klinicznie interakcji farmakokinetycznych pomiędzy flukonazolem i azytromycyną. Pokarm, cymetydyna, preparaty zobojętniające sok żołądkowy oraz napromieniowanie całego ciała przed przeszczepem szpiku nie wpływają w klinicznie istotny sposób na wchłanianie flukonazolu.