Ze względu na ryzyko wydłużenia odstępu QT i wystąpienia zaburzeń rytmu typu torsade de pointes przeciwwskazane jest jednoczesne stosowanie flukonazolu z: cyzaprydem, astemizolem, pimozydem, chinidyną, erytromycyną oraz terfenadyną w dawkach 400 mg lub większych. Należy dokładnie kontrolować pacjentów przyjmujących jednocześnie terfenadynę i flukonazol w dawkach mniejszych niż 400 mg na dobę. Flukonazol może zwiększać stężenie halofantryny w osoczu z powodu hamującego działania na CYP3A4, jednoczesne stosowanie może zwiększać ryzyko kardiotoksyczności (wydłużenie odstępu QT, torsade de pointes) oraz ryzyko nagłej śmierci z przyczyn sercowych - należy unikać jednoczesnego stosowania tych leków. Jednoczesne stosowanie ryfampicyny i flukonazolu powodowało zmniejszenie AUC flukonazolu o 25% i skrócenie jego T0,5 o 20% - należy rozważyć możliwość zwiększenia dawki flukonazolu u pacjentów przyjmujących jednocześnie ryfampicynę. Doustne stosowanie flukonazolu wraz z pokarmem, cymetydyną, lekami zobojętniającymi kwas żołądkowy lub po napromieniowaniu całego ciała przed przeszczepieniem szpiku kostnego, nie wpływa w sposób istotny klinicznie na wchłanianie flukonazolu. Flukonazol jest silnym inhibitorem CYP2C9 oraz umiarkowanym inhibitorem CYP3A4, jest również inhibitorem CYP2C19. Należy zachować ostrożność podczas jednoczesnego stosowania leków metabolizowanych przez CYP2C9 i CYP3A4 w skojarzeniu z flukonazolem i dokładnie kontrolować pacjentów. Hamowanie aktywności enzymów przez flukonazol utrzymuje się przez 4-5 dni po odstawieniu flukonazolu. W trakcie jednoczesnego stosowania u zdrowych ochotników flukonazolu (400 mg) oraz alfentanylu podawanego dożylnie (20 µg/kg mc.), AUC10 alfentanylu zwiększało się 2-krotnie - konieczna może być modyfikacja dawki alfentanylu. Flukonazol nasila działanie amitryptyliny i nortryptyliny. Stężenie 5-nortryptyliny i (lub) S-amitryptyliny można oznaczyć na początku leczenia skojarzonego, a następnie po tygodniu; w razie konieczności należy zmodyfikować dawkowanie amitryptyliny i nortryptyliny. Jednoczesne podawanie flukonazolu i amfoterycyny B zakażonym myszom z prawidłową i osłabioną czynnością układu odpornościowego wykazało niewielkie addycyjne działanie przeciwgrzybicze w przypadku zakażenia ogólnoustrojowego przez C. albicans, brak interakcji w przypadku zakażenia wewnątrzczaszkowego przez Cr. neoformans oraz antagonizm obu leków w przypadku zakażenia ogólnoustrojowego przez A. fumigatus. Kliniczne znaczenie wyników uzyskanych w tych badaniach jest nieznane. Ze względu na ryzyko krwawień u pacjentów przyjmujących jednocześnie pochodne kumaryny i flukonazol należy kontrolować czas protrombinowy; może być konieczne zmodyfikowanie dawki warfaryny. Przy jednoczesnym stosowaniu flukonazolu i benzodiazepin krótko działających (np. midazolam, triazolam) obserwowano zwiększenie ich AUC i wydłużenie T0,5 - jeśli konieczne jest jednoczesne stosowanie zaleca się zmniejszenie dawek benzodiazepin oraz właściwe kontrolowanie pacjenta. Flukonazol hamuje metabolizm karbamazepiny, obserwowano zwiększenie stężenia karbamazepiny w surowicy o 30%, istnieje ryzyko rozwoju toksyczności karbamazepiny - może być konieczne dostosowanie dawkowania karbamazepiny w zależności od wyników pomiaru stężenia i (lub) od działania leku. Niektóre leki z grupy wybiórczych antagonistów wapnia (nifedypina, izradypina, amlodypina, werapamil i felodypina), są metabolizowane przez CYP3A4; flukonazol może zwiększać ogólnoustrojowe narażenie na działanie antagonistów wapnia - zaleca się częste kontrolowanie pacjenta pod względem występowania działań niepożądanych. Podczas jednoczesnego leczenia flukonazolem (200 mg na dobę) i celekoksybem (200 mg) Cmax i AUC celekoksybu zwiększały się odpowiednio o 68% i 134% - podczas jednoczesnego stosowania z flukonazolem konieczne może być zmniejszenie dawki celekoksybu o połowę. Przy jednoczesnym stosowaniu cyklofosfamidu i flukonazolu należy zwrócić szczególną uwagę na ryzyko zwiększania się stężenia bilirubiny oraz kreatyniny w surowicy. Zanotowano jeden przypadek śmiertelny, prawdopodobnie w wyniku interakcji fentanylu z flukonazolem. U zdrowych ochotników flukonazol znacząco opóźnia eliminację fentanylu. Ze względu na ryzyko wystąpienia depresji oddechowej należy ściśle kontrolować pacjenta; może być konieczna zmiana dawkowania fentanylu. Ryzyko miopatii i rabdomiolizy zwiększa się podczas jednoczesnego podawania flukonazolu z inhibitorami reduktazy HMG-CoA metabolizowanymi z udziałem CYP3A4 (atorwastatyna i symwastatyna), lub metabolizowanymi z udziałem CYP2C9 (fluwastatyna). Jeśli leczenie skojarzone jest konieczne, należy obserwować, czy u pacjenta nie występują objawy miopatii i rabdomiolizy oraz kontrolować aktywność kinazy kreatyniny. Jeśli znacznie zwiększy się aktywność kinazy kreatyniny lub rozpozna się lub podejrzewa miopatię lub rabdomiolizę, należy przerwać stosowanie inhibitorów reduktazy HMG-CoA. Flukonazol znacząco zwiększa stężenie i AUC cyklosporyny - leki te można stosować jednocześnie, zmniejszając dawkę cyklosporyny w zależności od jej stężenia. Flukonazol może powodować zwiększenie stężenia ewerolimusu w osoczu poprzez inhibicję CYP3A4 (brak badań in vitro i in vivo). Flukonazol zwiększa stężenie syrolimusu w osoczu, przypuszczalnie w wyniku hamowania jego metabolizmu z udziałem CYP3A4 i P-glikoproteiny - leki te można stosować w skojarzeniu, jeśli dostosuje się dawkowanie syrolimusu w zależności od wartości stężenia i (lub) działania leku. Flukonazol może nawet 5-krotnie zwiększać stężenie w surowicy takrolimusu podawanego doustnie, z powodu hamowania jego metabolizmu przez CYP3A4 w jelitach. Nie zaobserwowano znaczących zmian parametrów farmakokinetycznych po dożylnym podaniu takrolimusu. Dawkowanie doustnie podawanego takrolimusu należy zmniejszyć w zależności od jego stężenia. Flukonazol hamuje metabolizm losartanu do czynnego metabolitu - u pacjenta należy stale kontrolować ciśnienie tętnicze krwi. Flukonazol może zwiększać stężenie metadonu w surowicy - konieczna może być modyfikacja dawki metadonu. Przy jednoczesnym stosowaniu flukonazolu i flurbiprofenu, a także ibuprofenu obserwowano zwiększenie wartości Cmax i AUC tych leków. Flukonazol może zwiększać narażenie ogólnoustrojowe na inne NLPZ metabolizowane z udziałem CYP2C9 (np. naproksen, lornoksykam, meloksykam, diklofenak). Zaleca się częstą kontrolę, czy u pacjenta nie występują działania niepożądane lub objawy toksyczności NLPZ; konieczna może być modyfikacja dawkowania NLPZ. Flukonazol hamuje metabolizm wątrobowy fenytoiny - podczas jednoczesnego stosowania należy monitorować stężenia fenytoiny w surowicy. Zanotowano pojedynczy przypadek leczonego prednizonem pacjenta z przeszczepem wątroby, u którego wystąpiła ostra niewydolność kory nadnerczy po zaprzestaniu 3-miesięcznego leczenia flukonazolem. Odstawienie flukonazolu przypuszczalnie spowodowało nasilenie aktywności CYP3A4, co doprowadziło do zwiększonego metabolizmu prednizonu. U pacjentów długotrwale leczonych flukonazolem należy dokładnie kontrolować, czy po odstawieniu flukonazolu nie występują objawy niewydolności kory nadnerczy. Flukonazol zwiększa stężenie ryfabutyny w surowicy, prowadząc do zwiększenia AUC ryfabutyny nawet o 80%; zanotowano zapalenia błony naczyniowej oka u pacjentów jednocześnie otrzymujących ryfabutynę i flukonazol - podczas leczenia skojarzonego należy brać pod uwagę wystąpienie objawów toksyczności ryfabutyny. Flukonazol zwiększa AUC sakwinawiru o ok. 50% i Cmax o ok. 55% w wyniku hamowania CYP3A4 oraz P-glikoproteiny; interakcje z sakwinawirem i rytonawirem nie były badane i mogą być bardziej nasilone - konieczna może być modyfikacja dawkowania sakwinawiru. U zdrowych ochotników flukonazol wydłuża T0,5 w surowicy podawanych doustnie pochodnych sulfonylomocznika (chlorpropamidu, glibenklamidu, glipizydu i tolbutamidu) - podczas jednoczesnego stosowania zaleca się częste kontrolowanie stężenia glukozy we krwi oraz odpowiednie zmniejszenie dawki sulfonylomocznika. Pacjentów, którzy jednocześnie z flukonazolem otrzymują duże dawki teofiliny lub u których występuje zwiększone ryzyko toksyczności teofiliny, należy obserwować w celu wykrycia objawów toksyczności teofiliny - jeśli wystąpią takie objawy, leczenie należy odpowiednio zmodyfikować. Mimo braku badań, przypuszcza się, że flukonazol może zwiększać w osoczu stężenia alkaloidów barwinka (np. winkrystyny i winblastyny) i prowadzić do neurotoksyczności, prawdopodobnie w wyniku hamowania CYP3A4. Donoszono o pojedynczym przypadku, w którym u jednego pacjenta otrzymującego leczenie złożone kwasem all-trans-retinowym (kwasowa postać witaminy A) i flukonazolem, wystąpiły działania niepożądane dotyczące OUN, w postaci guzów rzekomych mózgu, które ustępowały po odstawieniu flukonazolu. Powyższe skojarzenie leków może być stosowane, jednak należy brać pod uwagę możliwość występowania działań niepożądanych dotyczących OUN. Jednoczesne podawanie doustnie worykonazolu (inhibitor CYP2C9 i CYP3A4) oraz flukonazolu powodowało wzrost Cmax (o średnio 57%) oraz AUC (o 79%) worykonazolu. Nie ustalono dawki i częstości stosowania worykonazolu i flukonazolu, umożliwiających zmniejszenie tego działania; zaleca się monitorowanie działań niepożądanych związanych z worykonazolem, jeśli jest on stosowany kolejno po flukonazolu. Flukonazol zwiększa Cmax i AUC zydowudyny odpowiednio o 84% i 74% oraz wydłuża T0,5 zydowudyny o ok. 128% - należy obserwować pacjentów pod kątem działań niepożądanych zydowudyny; należy rozważyć możliwość zmniejszenia dawki zydowudyny. Nie zaobserwowano istotnych klinicznie interakcji farmakokinetycznych pomiędzy flukonazolem i azytromycyną. Doustne środki antykoncepcyjne: po zastosowaniu flukonazolu w dawce 50 mg nie obserwowano wpływu na stężenie żadnego z hormonów, jednak dawka 200 mg na dobę zwiększała AUC etynyloestradiolu i lewonorgestrelu odpowiednio o 40% i 24% - stosowanie flukonazolu w tych dawkach wydaje się nie mieć wpływu na skuteczność złożonych doustnych środków antykoncepcyjnych.