Bardzo często: bóle brzucha, nudności. Często: jadłowstręt, chwiejność emocjonalna, bóle głowy, nieostre widzenie związane z zaburzeniami akomodacji (działanie zależne od dawki i odwracalne), biegunka, wymioty, świąd, wysypka skórna. Niezbyt często: nerwowość, zawroty głowy, retinopatia ze zmianami barwnikowymi i zaburzeniami pola widzenia (zmiany te są bezobjawowe lub mogą wywołać takie zaburzenia, jak efekt halo, nieostre widzenie lub światłowstręt; mogą one mieć charakter przejściowy lub ustępować po zakończeniu leczenia), zawroty głowy pochodzenia błędnikowego, szum w uszach pochodzenia błędnikowego, nieprawidłowe wyniki testów czynności wątroby, zaburzenia pigmentacji skóry i błon śluzowych, rozjaśnienie włosów, nadmierne wypadanie włosów, zaburzenia czuciowe i ruchowe. Częstość nieznana: zahamowanie czynności szpiku kostnego, niedokrwistość, niedokrwistość aplastyczna, agranulocytoza, leukopenia, małopłytkowość, pokrzywka, obrzęk naczynioruchowy, skurcz oskrzeli, hipoglikemia, hydroksychlorochina może nasilać porfirię, psychoza, zachowania samobójcze, depresja, omamy, niepokój, pobudzenie, dezorientacja, urojenia, mania, zaburzenia snu, napady drgawkowe, zaburzenia pozapiramidowe (takie jak dystonia, dyskinezy i drżenia), makulopatie i zwyrodnienia plamki żółtej (mogą być nieodwracalne), utrata słuchu, wydłużenie odstępu QT u pacjentów z określonymi czynnikami ryzyka, które mogą prowadzić do wystąpienia zaburzeń rytmu serca (torsade de pointes, częstoskurcz komorowy), kardiomiopatia (która może prowadzić do niewydolności serca i w niektórych przypadkach do zgonu), polekowe uszkodzenie wątroby (DILI) (w tym uszkodzenie komórek wątrobowych, cholestatyczne uszkodzenie wątroby, ostre zapalenie wątroby, mieszane wątrobowokomórkowe/cholestatyczne uszkodzenie wątroby i piorunująca niewydolność wątroby), rumień wielopostaciowy, nadwrażliwość na światło, złuszczające zapalenie skóry, zespół Sweeta i ciężkie skórne działania niepożądane (SCAR) (w tym zespół Stevensa-Johnsona (SJS), toksyczne martwicze oddzielanie się naskórka (TEN), wysypka polekowa z eozynofilią i objawami ogólnymi (DRESS), ostra uogólniona osutka krostkowa (AGEP). Należy odróżnić AGEP od łuszczycy, choć hydroksychlorochina może wywołać napady łuszczycy), miopatia mięśni szkieletowych lub neuromiopatia (prowadzące do postępującego osłabienia i zaniku proksymalnych grup mięśniowych), osłabienie odruchów ścięgnistych, nieprawidłowe wyniki badań przewodnictwa nerwowego. We wczesnej postaci retinopatia wydaje się być odwracalna po zaprzestaniu stosowania hydroksychlorochiny. Jeśli dojdzie do jej rozwoju, może istnieć ryzyko progresji nawet po zaprzestaniu leczenia. U pacjentów ze zmianami w obrębie siatkówki początkowo objawy mogą nie występować lub mogą występować mroczki z pierścieniami paracentralnymi i pericentralnymi, mroczkami skroniowymi i nieprawidłowym widzeniem kolorów. Zgłaszano występowanie zmian w obrębie rogówki obejmujących obrzęk i zmętnienia. W razie stwierdzenia zaburzeń przewodzenia (blok odnogi pęczka Hisa/blok przedsionkowo-komorowy), jak również przerostu obu komór serca, należy wziąć pod uwagę występowanie przewlekłej toksyczności. Przerwanie stosowania hydroksychlorochiny może wiązać się z ustąpieniem zaburzeń. Stosowanie leku może wiązać się z występowaniem gorączki i hiperleukocytozy.