Bardzo często: zapalenie błony śluzowej jamy ustnej, niestrawność, nudności, zmniejszenie łaknienia, zwiększenie aktywności aminotransferaz. Często: leukopenia, niedokrwistość, małopłytkowość, ból głowy, zmęczenie, senność, zapalenie płuc, śródmiąższowe zapalenie pęcherzyków płucnych lub płuc często z towarzyszącą eozynofilią (objawy wskazujące na możliwość poważnego uszkodzenia płuc: suchy kaszel bez odpluwania, duszność i gorączka), owrzodzenie błony śluzowej jamy ustnej, biegunka, osutka, rumień, świąd. Niezbyt często: pancytopenia, ujawnienie się cukrzycy, zawroty głowy, splątanie, depresja, zapalenie gardła, zapalenie jelit, wymioty, marskość wątroby, zwłóknienie i zwyrodnienie tłuszczowe wątroby, zmniejszenie stężenia albumin w surowicy, nadwrażliwość na światło, wypadanie włosów, wzrost guzków reumatoidalnych, półpasiec, zapalenie naczyń, opryszczkowe wykwity skórne, pokrzywka, bóle stawów, bóle mięśni, osteoporoza, zapalenie i owrzodzenie pęcherza moczowego, zaburzenie czynności nerek, zaburzenia mikcji, zapalenie i owrzodzenie pochwy. Rzadko: zaburzenia widzenia, zapalenie osierdzia, wysięk osierdziowy, tamponada serca, hipotonia, incydenty zatorowo-zakrzepowe, zwłóknienie płuc, zapalenie płuc wywołane przez Pneumocystis carinii, duszność i astma oskrzelowa, nacieki opłucnowe, owrzodzenia przewodu pokarmowego, ostre zapalenie wątroby, wzmożona pigmentacja, trądzik, podbiegnięcia krwawe, niewydolność nerek, skąpomocz, bezmocz, zaburzenia elektrolitowe, reakcje uczuleniowe, wstrząs anafilaktyczny, alergiczne zapalenie naczyń, gorączka, zapalenie spojówek, zakażenia, posocznica, upośledzenie gojenia ran, hipogammaglobulinemia. Bardzo rzadko: pojedyncze przypadki chłoniaków (które w wielu przypadkach uległy regresji po odstawieniu metotreksatu; w niedawno przeprowadzonym badaniu nie ustalono związku pomiędzy stosowaniem metotreksatu a zwiększoną częstością występowania chłoniaków), agranulocytoza, silne zahamowanie czynności szpiku kostnego, choroby limfoproliferacyjne, zaburzenia widzenia, ból, osłabienie mięśni lub parestezje lub niedoczulica, zmiany w odczuwaniu smaku (metaliczny posmak), drgawki, odczyn oponowy, porażenie, retinopatia, krwawe wymioty, krwotok, toksyczne rozdęcie okrężnicy, niewydolność wątroby, zespół Stevensa-Johnsona, toksyczne martwicze oddzielanie się naskórka (zespół Lyella), nasilenie zmian pigmentacyjnych paznokci, ostra zanokcica, czyraczność, teleangiektazje, zmniejszenie libido, impotencja, ginekomastia, oligospermia, zaburzenia miesiączkowania, upławy, miejscowe uszkodzenie tkanek (powstawanie jałowych ropni, lipodystrofia) w miejscu wstrzyknięcia podskórnego. Częstość nieznana: leukoencefalopatia, krwawienie pęcherzykowe, łuszczenie się skóry (złuszczające zapalenie skóry), martwica kości żuchwy (wtórna do chorób limfoproliferacyjnych), obrzęk. Występowanie i nasilenie działań niepożądanych zależy od wielkości dawki i częstość podawania metotreksatu, jednak ciężkie działania niepożądane mogą wystąpić nawet po niewielkich dawkach, a zatem konieczne są regularne, częste kontrole stanu pacjenta. Podskórnie podawane dawki metotreksatu są miejscowo dobrze tolerowane. Obserwowano jedynie łagodne, miejscowe reakcje skórne, malejące podczas leczenia. Zgłaszano pojedyncze przypadki chłoniaków i innych chorób limfoproliferacyjnych, które w wielu przypadkach uległy regresji po przerwaniu leczenia metotreksatem.