Nie przeprowadzono badań in vivo dotyczących interakcji leków z walgancyklowirem. Ponieważ walgancyklowir jest szybko i w znacznym stopniu metabolizowany do gancyklowiru, oczekuje się, że interakcje walgancyklowiru z innymi lekami będą podobne do obserwowanych w przypadku gancyklowiru. Zgłaszano występowanie drgawek u pacjentów, u których równocześnie z gancyklowirem podawano imipenem z cylastatyną. Leków tych nie należy stosować równocześnie, chyba że potencjalne korzyści przeważają ryzyko. Równoczesne stosowanie probenecydu i doustnej postaci gancyklowiru prowadziło do istotnego statystycznie zmniejszenia wartości klirensu nerkowego gancyklowiru (o 20%), a tym samym do istotnego statystycznie zwiększenia całkowitego wpływu leku na organizm (o 40%). Zmiany te wynikają z interakcji, w której dwie substancje współzawodniczą w procesie wydzielania kanalikowego w nerkach. Dlatego należy uważnie obserwować, czy u pacjentów otrzymujących równocześnie probenecyd i walgancyklowir nie występują objawy toksyczności gancyklowiru. Nie obserwowano klinicznie istotnych interakcji farmakokinetycznych po równoczesnym podaniu trimetoprimu i doustnej postaci gancyklowiru. Pomimo to istnieje możliwość nasilenia się toksyczności, ponieważ obie substancje hamują czynność szpiku kostnego. Dlatego równocześnie stosować te substancje można tylko wtedy, gdy potencjalne korzyści przewyższają ryzyko. Ze względu na to, że zarówno mykofenolan mofetylu (MMF), jak i gancyklowir mogą spowodować wystąpienie neutropenii i leukopenii, należy kontrolować, czy u pacjenta nie występują nasilone objawy toksyczności. Nie obserwowano klinicznie istotnych interakcji po równoczesnym podaniu stawudyny i doustnej postaci gancyklowiru. Zastosowanie zydowudyny razem z doustnie podawanym gancyklowirem prowadziło do niewielkiego (17%), lecz istotnego statystycznie zwiększenia AUC zydowudyny. Równoczesne podawanie zydowudyny przyczyniało się również do statystycznie nieistotnej tendencji do zmniejszania się stężeń gancyklowiru. Jednak, ponieważ zarówno zydowudyna, jak i gancyklowir, mogą powodować neutropenię i niedokrwistość, niektórzy pacjenci mogą nie tolerować skojarzonego leczenia pełnymi dawkami. Stosowanie gancyklowiru (zarówno w postaci dożylnej, jak i doustnej) razem z dydanozyną, powodowało zwiększenie stężeń dydanozyny w osoczu. Po doustnym zastosowaniu gancyklowiru w dawkach 3 i 6 g na dobę obserwowano zwiększenie wartości AUC dydanozyny o 84-124%, Podobnie, po dożylnym podaniu dawek 5 i 10 mg/kg mc. na dobę obserwowano zwiększenie wartości AUC dydanozyny o 38-67%. Nie odnotowano klinicznie istotnych zmian stężenia gancyklowiru. Należy uważnie obserwować, czy u pacjenta nie występują objawy toksycznego działania dydanozyny. Jest mało prawdopodobne, aby gancyklowir i inne leki przeciwwirusowe hamujące aktywność ludzkiego wirusa nabytego niedoboru odporności (HIV), HBV lub HCV, działały antagonistycznie lub synergicznie, w klinicznie istotnych stężeniach w osoczu. Ryzyko interakcji metabolicznych walgancyklowiru czy gancyklowiru jest niewielkie, ponieważ cytochrom P450 nie bierze udziału ani w metabolizmie walgancyklowiru, ani gancyklowiru. Ponadto, gancyklowir nie jest substratem glikoproteiny-P ani nie wpływa na UDP-glukuronylotransferazę (enzym UGT). Dlatego uważa się, że mało prawdopodobne są metaboliczne lub związane z transportem leku interakcje walgancyklowiru lub gancyklowiru z następującymi grupami leków przeciwwirusowych: nienukleozydowe inhibitory odwrotnej transkryptazy (NNRT1), np. rylpiwiryna, etrawiryna, efawirenz; inhibitory proteazy (PI), np. darunawir, boceprewir i telaprewir; inhibitory wejścia (inhibitory fuzji i antagoniści ko-receptora CCR5), np. enfuwirtyd i marawirok; inhibitory transferu łańcucha integrazy HIV (INSTI), np. raltegrawir. Ponieważ gancyklowir jest wydalany przez nerki w wyniku przesączania kłębuszkowego i aktywnego wydzielania kanalikowego, jednoczesne stosowanie walgancyklowiru z lekami przeciwwirusowymi, które również są wydalane w wyniku wydzielania kanalikowego, może wpłynąć na zmianę stężenia walgancyklowiru i (lub) podawanego jednocześnie leku przeciwwirusowego. Może to dotyczyć nukleozydowych i nukleotydowych inhibitorów odwrotnej transkryptazy (NRTI) (w tym leków stosowanych w leczeniu WZW typu B), np. lamiwudyna, emtrycytabina, tenofowir, adefowir i entekawir. Klirens nerkowy gancyklowiru może być również zmniejszony w wyniku nefrotoksyczności spowodowanej przez takie leki, jak cydofowir, foskamet, NRTI (np. tenofowir, adefowir). Walgancyklowir można tylko wtedy stosować z którymkolwiek z tych leków, gdy spodziewana korzyść przewyższa ryzyko. Działanie toksyczne może się nasilić, jeśli walgancyklowir jest podawany równocześnie lub bezpośrednio przed przyjęciem czy po przyjęciu innych leków hamujących replikację w populacjach szybko dzielących się komórek, takich jak występujące w szpiku kostnym, jądrach, warstwie rozrodczej skóry i błonie śluzowej przewodu pokarmowego. Do leków tych należą: dapson, pentamidyna, flucytozyna, winkrystyna, winblastyna, adriamycyna, amfoterycyna B, trimetoprim z sulfonamidem, analogi nukleozydów, hydroksymocznik i pegylowane interferony lub rybawiryna (z boceprewirem lub telaprewirem lub bez). Walgancyklowir można stosować razem z tymi lekami jedynie wtedy, gdy spodziewana korzyść przewyższa ryzyko.