Przeciwwskazane jest jednoczesne stosowanie cytalopramu i inhibitorów MAO. Cytalopramu nie należy podawać pacjentom otrzymującym inhibitory MAO, w tym selegilinę w dawkach większych niż 10 mg/dobę. Cytalopramu nie należy podawać przez 14 dni od zakończenia stosowania nieodwracalnych inhibitorów MAO, a w przypadku odwracalnych inhibitorów MAO - po czasie określonym w ChPL danego leku. Leczenie inhibitorami MAO można rozpocząć po 7 dniach od zaprzestania podawania cytalopramu. Jednoczesne stosowanie cytalopramu i inhibitorów MAO może spowodować ciężkie działania niepożądane, w tym zespół serotoninowy. Opisywano przypadki ciężkich, czasami zakończonych zgonem reakcji u pacjentów otrzymujących SSRI w skojarzeniu z inhibitorami MAO, w tym z nieodwracalnym inhibitorem MAO (selegiliną) oraz z odwracalnymi inhibitorami MAO (linezolidem i moklobemidem) oraz u pacjentów, u których ostatnio odstawiono lek z grupy SSRI i wprowadzono do leczenia inhibitor MAO. Ze względu na ryzyko działania addytywnego przeciwwskazane jest stosowanie cytalopramu z lekami wydłużającymi odstęp QT, takimi jak leki przeciwarytmiczne klasy IA i III, leki przeciwpsychotyczne (np. pochodne fenotiazyny, pimozyd, haloperydol), trójpierścieniowe leki przeciwdepresyjne, niektóre leki przeciwbakteryjne (np. sparfloksacyna, moksyfloksacyna, dożylnie podawana erytromycyna, pentamidyna), leki przeciwmalaryczne (zwłaszcza halofantryna), niektóre leki przeciwhistaminowe (astemizol, mizolastyna). Jednoczesne stosowanie pimozydu i cytalopramu jest przeciwwskazane. Badanie interakcji z jednoczesnym zastosowaniem cytalopramu (20 mg/dobę) i selegiliny, selektywnego inhibitora MAO-B (10 mg/dobę), nie wykazało znaczących klinicznie interakcji. Skojarzone stosowanie cytalopramu i selegiliny (w dawkach dobowych większych niż 10 mg) jest przeciwwskazane. Podczas skojarzonego stosowania cytalopramu z litem lub tryptofanem należy zachować ostrożność. Należy kontynuować rutynową kontrolę stężenia litu w surowicy. Jednoczesne stosowanie cytalopramu z lekami o działaniu serotoninergicznym (tj. tramadol, buprenorfina, sumatryptan) może prowadzić do nasilenia działań związanych z przekaźnictwem 5-HT. Nie zaleca się jednoczesnego stosowania cytalopramu z agonistami receptorów 5-HT, takimi jak sumatryptan i inne tryptany. Możliwe są dynamiczne interakcje miedzy SSRI a preparatami zawierającymi ziele dziurawca, prowadzące do nasilenia działań niepożądanych. Należy zachować ostrożność u pacjentów leczonych jednocześnie lekami przeciwzakrzepowymi, lekami wpływającymi na czynność płytek krwi, takimi jak np. NLPZ, kwas acetylosalicylowy, dipirydamol i tyklopidyna lub inne leki, które mogą zwiększać ryzyko krwawienia (np. atypowe leki przeciwpsychotyczne, fenotiazyny, trójpierścieniowe leki przeciwdepresyjne). Nie ma badań klinicznych, które określiłyby ryzyko lub korzyści skojarzonego stosowania elektrowstrząsów i cytalopramu. Nie wykazano interakcji farmakodynamicznych ani farmakokinetycznych między cytalopramem i alkoholem. Jednak nie zaleca się picia alkoholu podczas leczenia cytalopramem. Konieczne jest zachowanie ostrożności podczas jednoczesnego stosowania leków wywołujących hipokaliemię i (lub) hipomagnezemię ze względu na ryzyko złośliwych arytmii. SSRI obniżają próg drgawkowy. Zaleca się ostrożność podczas jednoczesnego stosowania z innymi lekami, które obniżają próg drgawkowy, np. lekami przeciwdepresyjnymi (trójpierścieniowymi, SSRI), neuroleptykami (fenotiazynami, tioksantenami i butyrofenonami), meflochiną, bupropionem i tramadolem. Po jednoczesnym podaniu dezypraminy (głównego metabolitu imipraminy) i cytalopramu obserwowano zwiększenie stężenia dezypraminy w osoczu. Może być konieczne zmniejszenie jej dawki. W metabolizmie cytalopramu do demetylocytalopramu biorą udział następujące izoenzymy układu cytochromu P450: CYP2C19 (ok. 38%), CYP3A4 (ok. 31%) i CYP2D6 (ok. 31%). Udział więcej niż jednego izoenzymu CYP w metabolizmie cytalopramu oznacza mniejsze prawdopodobieństwo zahamowania tego procesu, gdyż zmniejszenie aktywności jednego z enzymów może być kompensowane przez działanie innego izoenzymu. Z tego względu prawdopodobieństwo farmakokinetycznych interakcji cytalopramu z jednocześnie stosowanymi innymi lekami jest bardzo małe. Jednoczesne stosowanie z ketokonazolem (silnym inhibitorem CYP3A4) nie zmienia właściwości farmakokinetycznych cytalopramu. Cymetydyna (inhibitor CYP2D6, CYP3A4 i CYP1A2) powodowała nieznaczne zwiększenie średniego stężenia cytalopramu w stanie stacjonarnym. Dlatego zaleca się zachowanie ostrożności podczas jednoczesnego stosowania obu leków. Może być konieczne dostosowanie dawki. Jednoczesne stosowanie escytalopramu (aktywnego enancjomeru cytalopramu) z omeprazolem w dawce 30 mg raz na dobę (inhibitorem CYP2C19) powodowało umiarkowane (ok. 50%) zwiększenie stężenia escytalopramu w osoczu. Dlatego zaleca się ostrożność podczas jednoczesnego stosowania cytalopramu z inhibitorami CYP2C19 (np. omeprazol, ezomeprazol, flukonazol, fluwoksamina, lanzoprazol, tyklopidyna) oraz z cymetydyną. Może być konieczne zmniejszenie dawki cytalopramu zależnie od działań niepożądanych obserwowanych podczas skojarzonego leczenia. Zaleca się ostrożność podczas jednoczesnego stosowania cytalopramu i leków, które są metabolizowane głównie przez ten enzym i mają niski indeks terapeutyczny (tj. flekainid, propafenon i metoprolol, stosowane w niewydolności serca) lub niektórymi lekami działającymi na OUN, które metabolizowane są głównie przez CYP2D6 (np. leki przeciwdepresyjne, takie jak dezypramina, klomipramina i nortryptylina, lub leki przeciwpsychotyczne, jak rysperydon, tiorydazyna i haloperydol). Może być konieczne dostosowanie dawkowania. Jednoczesne stosowanie cytalopramu i metoprololu powodowało 2-krotne zwiększenie stężenia metoprololu w osoczu. Nie obserwowano klinicznie istotnego wpływu na ciśnienie tętnicze krwi i rytm serca. W porównaniu do innych SSRI uznanych za silne inhibitory, cytalopram i demetylocytalopram w minimalnym stopniu hamują aktywność CYP2C9, CYP2E1 i CYP3A4, a słabo hamują CYP1A2, CYP2C19 i CYP2D6. Nie obserwowano żadnych zmian lub niewielkie, nieistotne klinicznie zmiany, gdy cytalopram stosowano z substratami CYP1A2 (klozapiną i teofiliną), CYP2C9 (warfaryną), CYP2C19 (imipraminą i mefenytoiną), CYP2D6 (sparteiną, imipraminą, amitryptyliną, rysperydonem) oraz CYP3A4 (warfaryną, karbamazepiną i jej metabolitem-epoksydem karbamazepiny oraz triazolamem). Nie obserwowano interakcji farmakokinetycznych między cytalopramem i lewomepromazyną ani digoksyną, co wskazuje, że cytalopram nie pobudza ani nie hamuje P-glikoproteiny. Podczas jednoczesnego stosowania dezypraminy i cytalopramu obserwowano zwiększone stężenie dezypraminy w osoczu. Konieczne może okazać się wówczas zmniejszenie dawki dezypraminy.