Często: krwiak, krwawienie z nosa, krwotok z przewodu pokarmowego, biegunka, ból brzucha, niestrawność, siniaki, krwawienie w miejscu wkłucia. Niezbyt często: małopłytkowość, leukopenia, eozynofilia, krwawienie wewnątrzczaszkowe (niektóre przypadki ze skutkiem śmiertelnym), ból głowy, parestezje, zawroty głowy, krwawienie do oka (dospojówkowe, wewnątrzgałkowe, dosiatkówkowe), wrzód żołądka i wrzód dwunastnicy, zapalenie błony śluzowej żołądka, wymioty, nudności, zaparcia, wzdęcia z oddawaniem gazów, wysypka, świąd, krwawienie do skóry (plamica), krwiomocz, wydłużenie czasu krwawienia, zmniejszona liczba neutrofili, zmniejszona liczba płytek krwi. Rzadko: neutropenia, w tym ciężka neutropenia; zawroty głowy pochodzenia błędnikowego, krwotok pozaotrzewnowy, ginekomastia. Bardzo rzadko: zakrzepowa plamica małopłytkowa (ang. TTP), niedokrwistość aplastyczna, pancytopenia, agranulocytoza, ciężka małopłytkowość, hemofilia nabyta A, granulocytopenia, niedokrwistość, choroba posurowicza, reakcje rzekomoanafilaktyczne, omamy, stan splątania, zaburzenia smaku, utrata smaku, ciężki krwotok, krwotok z rany pooperacyjnej, zapalenie naczyń, niedociśnienie tętnicze, krwawienie z dróg oddechowych (krwioplucie, krwotok płucny), skurcz oskrzeli, śródmiąższowe zapalenie płuc, eozynofilowe zapalenie płuc, krwotok z przewodu pokarmowego i pozaotrzewnowy zakończony zgonem, zapalenie trzustki, zapalenie jelita grubego (w tym wrzodziejące lub limfocytowe zapalenie jelita grubego), zapalenie błony śluzowej jamy ustnej, ostra niewydolność wątroby, zapalenie wątroby, nieprawidłowe wyniki testów czynności wątroby, pęcherzowe zapalenie skóry (toksyczne martwicze oddzielanie się naskórka, zespół Stevensa-Johnsona, rumień wielopostaciowy, ostra uogólniona osutka krostkowa (AGEP)), obrzęk naczynioruchowy, zespół nadwrażliwości indukowany lekami, wysypka polekowa z eozynofilią i objawy ogólnoustrojowe (DRESS), wysypka rumieniowa lub łuszcząca się, pokrzywka, wyprysk, liszaj płaski, krwawienia w obrębie układu mięśniowo-szkieletowego (krwawienia dostawowe), zapalenie stawów, ból stawów, ból mięśni, zapalenie kłębuszkowe nerek, zwiększone stężenie kreatyniny we krwi, gorączka. Częstość nieznana: reakcje krzyżowe związane z nadwrażliwością na leki z grupy pochodnych tienopirydyny (takich jak tyklopidyna, prasugrel); autoimmunologiczny zespół insulinowy, który może prowadzić do ciężkiej hipoglikemii, szczególnie u pacjentów z podtypem HLA DRA4 (występującym częściej w populacji japońskiej); zespół Kounisa ((alergiczna dusznica bolesna naczynioskur-czowa/alergiczny zawał mięśnia sercowego) w kontekście reakcji nadwrażliwości na klopidogrel. W badaniu TARDIS, u pacjentów po niedawno przebytym udarze niedokrwiennym mózgu, otrzymujących intensywne leczenie przeciwpłytkowe trzema preparatami (kwas acetylosalicylowy + klopidogrel+ dipirydamol) występowało więcej krwawień i krwawień o większym nasileniu w porównaniu z samym klopidogrelem lub w skojarzeniu z kwasem acetylosalicylowym i dipirydamolem (skorygowany wspólny iloraz szans (OR) wynosił 2,54, 95% CI 2,05-3,16, p<0,0001).