Metabolizm erytromycyny zachodzi głównie w wątrobie z udziałem systemu monooksygenaz zależnych od cytochromu P-450. Erytromycyna hamuje aktywność enzymów, co może wpływać na metabolizm zarówno erytromycyny, jak i innych leków stosowanych w tym samym czasie, takich jak: acenokumarol, alfentanyl, astemizol, bromokryptyna, karbamazepina, cylostazol, cyklosporyna, digoksyna, dihydroergotamina, dyzopiramid, ergotamina, heksobarbital, metyloprednizolon, midazolam, omeprazol, fenytoina, chinidyna, ryfabutyna, syldenafil, takrolimus, terfenadyna, teofilina, triazolam, kwasu walproinowy, winblastyna, leki przeciwgrzybicze (np. flukonazol, ketokonazol, itrakonazol) i zopiklon. Stosując te leki jednocześnie z erytromycyną należy rozważyć monitorowanie ich stężenia we krwi i dostosowanie dawki, jeśli konieczne. Szczególną ostrożność należy zachować podczas stosowania z lekami, o których wiadomo, że mogą wydłużać odstęp QT w zapisie EKG. Leki, które indukują cytochrom CYP3A4 (np. ryfampicyna, fenytoina, karbamazepina, ziele dziurawca) mogą indukować metabolizm erytromycyny, co prowadzi do zmniejszenia jej stężenia we krwi i osłabienia jej działania. Zwiększona aktywność enzymów zmniejsza się stopniowo przez 2 tyg. po odstawieniu leków indukujących cytochrom CYP3A4. Dlatego erytromycyny nie należy podawać podczas leczenia induktorami cytochromu CYP3A4 i przez 2 tyg. po ich odstawieniu. Stosowanie erytromycyny jest przeciwwskazane u pacjentów przyjmujących inhibitory reduktazy HMG-CoA, lowastatynę i symwastatynę. Erytromycyna zwiększa stężenie inhibitorów reduktazy HMG-CoA. Zgłaszano rzadkie przypadki rabdomiolizy u pacjentów przyjmujących te leki jednocześnie. Jednoczesne podawanie erytromycyny i lomitapidu jest przeciwwskazane ze względu na możliwość znaczącego zwiększenia aktywności aminotransferaz. Niektóre antybiotyki mogą zmniejszać skuteczność doustnych środków antykoncepcyjnych poprzez zakłócanie hydrolizy bakteryjnej koniugatów steroidowych w jelicie i tym samym reabsorpcji niesprzężonych steroidów. W wyniku tego może zmniejszyć się stężenie aktywnych steroidów. Pacjentkę należy poinformować, że podczas leczenia erytromycyną konieczne jest stosowanie dodatkowych metod antykoncepcji. Podczas jednoczesnego podawania antagonistów receptora histaminowego H1 (np. terfenadyna, astemizol, mizolastyna) z erytromycyną należy zachować ostrożność. Erytromycyna może zmienić ich metabolizm. Obserwowano rzadkie przypadki ciężkich, mogących prowadzić do śmierci, zaburzeń serca, w tym zatrzymania pracy serca, zaburzeń rytmu typu torsade de pointes i inne arytmii komorowych. Erytromycynę należy stosować ostrożnie u pacjentów przyjmujących leki, o których wiadomo, że wydłużają odstęp QT (np. hydroksychlorochina, chlorochina), ze względu na możliwość wywoływania zaburzeń rytmu serca i poważnych sercowo-naczyniowych zdarzeń niepożądanych. Erytromycyna in vitro działa antagonistycznie w stosunku do bakteriobójczych antybiotyków z grupy beta-laktamów (np. penicyliny, cefalosporyny) oraz antagonistycznie w stosunku do klindamycyny, linkomycyny, chloramfenikolu, streptomycyny, tetracyklin i kolistyny. Podczas jednoczesnego stosowania erytromycyny z inhibitorami proteazy obserwowano zahamowanie rozpadu erytromycyny. Zgłaszano przypadki nasilonego działania przeciwzakrzepowego w przypadku jednoczesnego stosowania erytromycyny wraz z doustnymi lekami przeciwzakrzepowymi (np. warfaryna, acenokumarol, rywaroksaban). Erytromycyna zmniejsza klirens triazolamu, midazolamu oraz innych benzodiazepin, co w konsekwencji prowadzi do zwiększenia ich farmakologicznego działania. Po wprowadzeniu leku informowano, że jednoczesne podawanie erytromycyny i ergotaminy lub dihydroergotaminy powodowało ostre zatrucie alkaloidami sporyszu, charakteryzujące się skurczem naczyń oraz niedokrwieniem OUN, kończyn i innych tkanek. U pacjentów leczonych równocześnie erytromycyną i cyzaprydem wykazano zwiększenie stężenia cyzaprydu. Może to spowodować zmiany w zapisie EKG - wydłużenie odstępu QT oraz zaburzenia rytmu serca takie, jak częstoskurcz komorowy, migotanie komór oraz zaburzenia rytmu serca typu torsade de pointes. Podobne zaburzenia obserwowano u pacjentów stosujących równocześnie pimozyd i klarytromycynę (inny antybiotyk makrolidowy). Jednoczesne stosowanie erytromycyny i teofiliny powoduje zwiększenie w surowicy stężenia teofiliny, co prowadzi do nasilenia jej toksyczności. Jeśli podczas jednoczesnego stosowania tych leków zwiększy się stężenie teofiliny w surowicy i (lub) jej toksyczność, należy odpowiednio zmniejszyć dawkę teofiliny. Podawanie doustne erytromycyny razem z teofiliną znacząco zmniejsza stężenie erytromycyny w surowicy, nawet do poziomu poniżej stężenia terapeutycznego. Jednoczesne podawanie erytromycyny i kolchicyny może zwiększyć toksyczność kolchicyny. U pacjentów stosujących erytromycynę razem z antagonistą wapnia (np. werapamilem) obserwowano zmniejszenie ciśnienia tętniczego, bradyarytmię i kwasicę mleczanową. Cymetydyna może hamować metabolizm erytromycyny we krwi, co może prowadzić do zwiększenia jej stężenia. Erytromycyna może zmniejszać klirens zopiklonu, co może prowadzić do nasilenia jego działania farmakodynamicznego. Należy zachować ostrożność podczas jednoczesnego stosowania erytromycyny z kortykosteroidami, podawanymi ogólnoustrojowo i wziewnie, metabolizowanymi głównie przez CYP3A, ze względu na możliwość zwiększenia ogólnego wpływu kortykosteroidów na organizm. Podczas jednoczesnego stosowania należy ściśle obserwować, czy u pacjenta nie występują działania niepożądane charakterystyczne dla kortykosteroidów działających ogólnoustrojowo.