Wtórne przyczyny hipercholesterolemii takie, jak: niekontrolowana cukrzyca typu 2, niedoczynność tarczycy, zespół nerczycowy, dysproteinemia, choroby wątroby z zastojem żółci, stosowane leki, alkoholizm powinny być odpowiednio leczone przed rozpoczęciem terapii fenofibratem. Wtórną przyczynę hipercholesterolemii związaną z leczeniem farmakologicznym można zaobserwować w przypadku stosowania diuretyków, leków blokujących receptory β-adrenergiczne, estrogenów, progestagenów, złożonych doustnych środków antykoncepcyjnych, leków immunosupresyjnych i inhibitorów proteazy; należy sprawdzić czy hiperlipidermia ma charakter pierwotny czy wtórny. U pacjentek z hiperlipidemią przyjmujących estrogeny lub środki antykoncepcyjne zawierające estrogeny należy sprawdzić, czy hiperlipidemia jest pierwotna czy wtórna (zwiększenie stężenia lipidów może być spowodowane doustnymi estrogenami). Należy odstawić lub zastąpić leki o znanym działaniu podwyższającym stężenie trójglicerydów (ß-blokery, tiazydy, estrogeny), najlepiej przed rozpoczęciem leczenia obniżającego poziom trójglicerydów. Zaleca się kontrolowanie aktywności aminotransferaz co 3 mies. w trakcie pierwszych 12 mies. leczenia, a następnie okresowo. Należy zwrócić uwagę na pacjentów, u których aktywność aminotransferaz zwiększyła się i przerwać leczenie, gdy aktywność AspAT i AlAT przekroczy wartość 3-krotnej GGN. Jeśli wystąpią objawy wskazujące na zapalenie wątroby (np. żółtaczka, świąd) i zostaną one potwierdzone przez badania laboratoryjne, leczenie fenofibratem należy przerwać. U pacjentów przyjmujących fenofibrat zgłaszano zapalenie trzustki, które może być wynikiem braku skuteczności leku u pacjentów z ciężką hipertrójglicerydemią, bezpośredniego działania leku lub zjawiskiem wtórnym związanym z tworzeniem się kamieni lub złogów w drogach żółciowych oraz następczą niedrożnością przewodu żółciowego wspólnego. Stosowanie fibratów związane jest ze zwiększonym ryzykiem toksycznego działania na mięśnie, w tym rzadko, rabdomiolizy z uszkodzeniem nerek lub bez. Częstość występowania tych zaburzeń jest większa u pacjentów z hipoalbuminemią i współistniejącą niewydolnością nerek. Toksyczne działanie na mięśnie należy podejrzewać u pacjentów z rozlanymi bólami mięśni, zapaleniem mięśni, kurczami lub osłabieniem mięśni i (lub) znacznym podwyższeniem CK (5-krotnie powyżej GGN). W takich przypadkach należy przerwać leczenie fenofibratem. Pacjenci, u których istnieją czynniki predysponujące do miopatii i (lub) rabdomiolizy, w tym: wiek powyżej 70 lat, osobnicza lub rodzinna skłonność do chorób mięśni, zaburzenia czynności nerek, niedoczynność tarczycy i spożywanie dużych ilości alkoholu, mogą mieć zwiększone ryzyko wystąpienia rabdomiolizy. U tych pacjentów należy bardzo dokładnie ocenić stosunek korzyści do ryzyka związanego z leczeniem fenofibratem. Ryzyko toksycznego działania na mięśnie może być podwyższone, jeżeli lek jest podawany równocześnie z innym fibratem lub z inhibitorem reduktazy HMG-CoA, zwłaszcza, jeśli występowały wcześniej choroby mięśni. W związku z tym leczenie fenofibratem w skojarzeniu z inhibitorem reduktazy HMG-CoA (statyną) lub z innym fibratem należy ograniczyć do pacjentów z ciężką mieszaną dyslipidemią i dużym ryzykiem choroby sercowo-naczyniowej, u których nie występowały wcześniej choroby mięśni; należy ściśle kontrolować potencjalne działanie toksyczne u tych pacjentów. Leczenie skojarzone należy stosować z ostrożnością i uważnie monitorować pod kątem objawów toksycznego działania na mięśnie. Ostrożnie stosować u pacjentów z zaburzeniami czynności nerek w stopniu od łagodnego do umiarkowanego. Leczenie należy przerwać, jeśli stężenie kreatyniny wzrośnie o ponad 50% powyżej GGN. Zaleca się wykonywanie oznaczeń stężenia kreatyniny w czasie pierwszych 3 mies. po rozpoczęciu leczenia, a następnie okresowo. Fenofibrat może zwiększać wydzielanie cholesterolu z żółcią, prowadząc do rozwoju kamicy żółciowej. W przypadku podejrzenia kamicy żółciowej należy wykonać badania diagnostyczne pęcherzyka żółciowego. W razie stwierdzenia kamieni żółciowych leczenie należy przerwać. Lek zawiera mniej niż 1 mmol (23 mg) sodu na kapsułkę, to znaczy uznaje się go za „wolny od sodu”.