Często: ból głowy, ból brzucha, wymioty, biegunka, nudności, zwiększenie aktywności AspAT, AlAT ALP, wysypka. Niezbyt często: niedokrwistość, zmniejszenie łaknienia, bezsenność, senność, drgawki, parestezje, zawroty głowy, zaburzenia smaku, zawroty głowy pochodzenia obwodowego, zaparcia, niestrawność, wzdęcia, suchość w jamie ustnej, żółtaczka, cholestaza, zwiększenie stężenia bilirubiny, wysypka polekowa, pokrzywka, świąd, nasilona potliwość, ból mięśni, zmęczenie, złe samopoczucie, astenia, gorączka. Rzadko: agranulocytoza, leukopenia, neutropenia, trombocytopenia, anafilaksja, hipercholesterolemia, hipertrójglicerydemia, hipokaliemia, drżenie, wydłużenie odstępu QT, torsade de pointes, niewydolność wątroby, martwica komórek wątrobowych, zapalenie wątroby, uszkodzenie komórek wątroby (stosowanie flukonazolu wiązało się rzadko z ciężkim toksycznym uszkodzeniem wątroby, w tym ze skutkiem śmiertelnym, głównie u pacjentów z ciężkimi chorobami podstawowymi), toksyczna nekroliza naskórka (zespół Lyella), zespół Stevensa-Johnsona, ostra uogólniona osutka krostkowa, złuszczające zapalenie skóry, obrzęk naczynioruchowy, obrzęk twarzy, łysienie. Częstość nieznana: reakcja polekowa z eozynofilią i objawami ogólnymi (DRESS).