Cyzapryd wpływa na właściwości farmakokinetyczne digoksyny i propranololu. Jednocześnie, doustne lub pozajelitowe stosowanie leków silnie hamujących aktywność CYP3A4, prowadzić może do zwiększenia stężenia cyzaprydu w surowicy krwi, powodując w następstwie zwiększone ryzyko wydłużenia odstępu QT oraz ciężkich zaburzeń rytmu serca, jak: częstoskurcz komorowy, migotanie komór, częstoskurcz komorowy typu torsades de pointes. Dlatego też, przeciwwskazane jest jednoczesne stosowanie cyzaprydu z następującymi lekami: podawane doustnie lub pozajelitowo leki przeciwgrzybicze, pochodne azolowe, takie jak: ketokonazol, itrakonazol, mikonazol, flukonazol; podawane doustnie lub pozajelitowo antybiotyki makrolidowe, szczególnie: azytromycyna, erytromycyna, klarytromycyna, troleandomycyna; inhibitory proteaz HIV: w badaniach in vitro wykazano, że rytonawir i indynawir mają silny, hamujący wpływ na aktywność CYP3A4, podczas gdy sankwinawir jest słabym inhibitorem; nefazodon; leki, o których wiadomo, że wydłużają odstęp QT i (lub) wywołują powstawanie częstoskurczu komorowego typu torsades de pointes: leki przeciwarytmiczne klasy IA (chinidyna, hydrochinidyna, dyzopiramid, prokainamid) i klasy III (amiodaron, sotalol); beperydyl; halofantryna; niektóre antybiotyki pochodne chinolonów (szczególnie: sparfloksacyna, grepafloksacyna, gatyfloksacyna, moksyfloksacyna); trój- i czteropierścieniowe leki przeciwdepresyjne (amitryptylina, maprotylina); winkamina; neuroleptyki (takie jak: fenotiazyny, prymozyd, sertyndol, haloperydol, droperydol, sultopryd); zyprazydon; difemanil; niektóre leki przeciwhistaminowe (takie jak: astemizol i terfenadyna). Podczas przyjmowania cyzaprydu nie zaleca się, wielokrotnego spożywania soku grejpfrutowego, z powodu możliwego zwiększenia biodostępności cyzaprydu. Przy jednoczesnym stosowaniu doustnych leków przeciwzakrzepowych (np. acenokumarol) może wystąpić nasilenie działania leku przeciwzakrzepowego i ryzyka krwotoku - zaleca się częstsze kontrolowanie wskaźnika protrombinowego i INR; należy pamiętać o dostosowaniu dawki doustnego leku przeciwzakrzepowego, podczas leczenia i do 8 dni po zakończeniu leczenia cyzaprydem. Przy jednoczesnym stosowaniu cyzaprydu i diazepamu może wystąpić przemijające nasilenie działania sedatywnego diazepamu, spowodowane zwiększeniem szybkości wchłaniania. Cymetydyna powoduje nieznaczne zwiększenie biodostępności cyzaprydu, co nie ma znaczenia klinicznego. Może nasilić się sedatywne działanie alkoholu.