Bardzo często: brak łaknienia, nudności, wymioty, ból brzucha, stan zapalny i owrzodzenie błony śluzowej jamy ustnej i gardła, zapalenie jamy ustnej, niestrawność, zwiększenie aktywności enzymów wątrobowych (AlAT, AspAT, zwiększenie aktywności fosfatazy zasadowej i stężenia bilirubiny. Często: zakażenia, leukocytopenia, trombocytopenia, niedokrwistość, ból głowy, zmęczenie, senność, śródmiąższowe zapalenie pęcherzyków płucnych/zapalenie płuc (może być śmiertelne), biegunka, rumień, wysypka, świąd. Niezbyt często: zakażenia oportunistyczne (czasami śmiertelne), chłoniak (może być odwracalny), pancytopenia, agranulocytoza, zaburzenia hematopoezy, reakcje alergiczne, wstrząs anafilaktyczny, gorączka, dreszcze, cukrzyca, depresja, drgawki, zawroty głowy/zaburzenia równowagi, splątanie, zwłóknienie płuc, owrzodzenie i krwawienie z przewodu pokarmowego, stłuszczenie, zwłóknienie i marskość wątroby, obniżenie stężenia albuminy w surowicy, ciężkie objawy toksyczności skórnej (zapalenie naczyń, opryszczkowa te zmiany skórne, zespół Stevensa-Johnsona, toksyczne martwicze oddzielanie się naskórka - zespół Lyella), zwiększenie częstości występowania guzków reumatycznych, bolesne nadżerki w miejscu blaszek łuszczycowych, reakcje nadwrażliwości na światło, wzmożenie pigmentacji skóry, wypadanie włosów, osłabienie procesu gojenia ran, pokrzywka, osteoporoza, bóle stawów, ból mięśni, nefropatia, zapalenie i owrzodzenie pęcherza moczowego (prawdopodobnie z hematurią), bolesne oddawanie moczu (dysuria), zapalenie i owrzodzenie pochwy. Rzadko: półpasiec, niedokrwistość megaloblastyczna, wahania nastroju, niedowład połowiczy, porażenie, poważne zaburzenia widzenia, zapalenie osierdzia, wysięk w osierdziu, tamponada worka osierdziowego, incydenty zakrzepowo-zatorowe (w tym zakrzepica tętnicza i zakrzepica mózgu, zakrzepowe zapalenie żył, zakrzepica żył głębokich, zakrzep żyły siatkówki, zator płucny), niedociśnienie (hipotensja), porażenie oddechu, reakcje przypominające astmę oskrzelową (takie jak kaszel, duszność i nieprawidłowe zmiany wyników badań czynności płuc), zapalenie gardła, zapalenie trzustki, zapalenie jelit, zaburzenia wchłaniania, smoliste stolce, zapalenie dziąseł, ostre zapalenie wątroby i toksyczne uszkodzenie wątroby, nasilone zmiany pigmentacyjne paznokci, oddzielenie się płytki paznokciowej, trądzik, wybroczyny, powstawanie wylewów podskórnych (siniaków), rumień wielopostaciowy, rumieniowe wykwity skórne, możliwość nasilenia zmian łuszczycowych w przypadku jednoczesnej fototerapii UV, możliwość wystąpienia popromiennego zapalenia skóry i oparzeń słonecznych jako "reakcji z przypomnienia", złamanie kości przeciążeniowe, niewydolność nerek, skąpomocz, bezmocz, azotemia, oligospermia, zaburzenia miesiączkowania. Bardzo rzadko: posocznica, zakażenia wywoływane przez wirus cytomegalii, supresja szpiku kostnego (ciężki przebieg), niedokrwistość aplastyczna, zaburzenia limfoproliferacyjne (zgłaszano pojedyncze przypadki chłoniaka i innych zaburzeń limfoproliferacyjnych, które wygasały w niektórych przypadkach po przerwaniu leczenia metotreksatem), eozynofilia, neutropenia, powiększenie węzłów chłonnych, immunosupresja, alergiczne zapalenie naczyń krwionośnych (ciężki objaw toksyczności), hipogammaglobulinemia, bezsenność, obrzęk mózgu, ostre aseptyczne zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych z odczynem oponowym (paraliż, wymioty), letarg, przemijające nieznaczne zaburzenia funkcji poznawczych, psychozy, afazja, ból, osłabienie mięśni, parestezje/hipoestezja, zmiana smaku (metaliczny posmak), podrażnienie, zaburzenia mowy, nietypowe doznania w głowie, szumy uszne, retinopatia, zapalenie spojówek, zapalenie płuc wywoływane przez Pneumocystis jiroveci i inne zakażenia płuc, przewlekła obturacyjna choroba płuc, wysięk w jamie opłucnej, toksyczne rozdęcie okrężnicy, krwawe wymioty, ostre zwyrodnienie wątroby, niewydolność wątroby, reaktywacja przewlekłego zapalenia wątroby, ostra zanokcica, czyraczność, teleangiektazje, zapalenie gruczołów potowych, białkomocz, niepłodność, utrata popędu płciowego, impotencja, wydzielina z pochwy, ginekomastia, gorączka. Częstość nieznana: nokardioza, histoplazmoza i kryptokokoza rozsiana opryszczka pospolita, krwotoki, encefalopatia/leukoencefalopatia, krwawienie pęcherzykowe (podczas stosowania metotreksatu w leczeniu chorób reumatologicznych i w powiązanych wskazaniach), zapalenie wątroby i niewydolność wątroby, złuszczanie skóry/złuszczające zapalenie skóry, martwica kości szczęki (wtórna do zaburzeń limfoproliferacyjnych), obrzęk. Częstość występowania i nasilenie działań niepożądanych zależą od wielkości dawki oraz częstotliwości podawania metotreksatu. Ponieważ jednak ciężkie działania niepożądane mogą wystąpić nawet w przypadku podawania małych dawek, podstawowe znaczenie ma ścisłe monitorowanie pacjentów przez lekarza prowadzącego. Większość działań niepożądanych jest odwracalnych, jeśli zostaną wcześnie wykryte. Jeśli wystąpią takie działania niepożądane, należy zmniejszyć dawkę lub przerwać leczenie i zastosować odpowiednie środki zaradcze. Leczenie metotreksatem można wznowić wyłącznie przy zachowaniu szczególnej ostrożności, po starannym rozważeniu zapotrzebowania na leczenie i ze zwiększoną czujnością w odniesieniu do możliwego nawrotu objawów toksyczności. Należy spodziewać się, że częstość występowania, charakter i nasilenie działań niepożądanych u dzieci i młodzieży są takie same, jak u dorosłych.