Najczęściej obserwowanymi działaniami niepożądanymi były reakcje ze strony przewodu pokarmowego. Działania niepożądane ze strony przewodu pokarmowego występowały u 93% pacjentów w badaniu klinicznym fazy 3. Biegunka wystąpiła u 79% pacjentów, nudności u 65%, dyspepsja u 38%, a wymioty u 34% pacjentów. Inne działania występujące u co najmniej 20% pacjentów to: ból brzucha, dyskomfort w obrębie jamy brzusznej, wzdęcia, zaparcia i wzdęcia z oddawaniem wiatrów. Działania niepożądane ze strony przewodu pokarmowego występowały częściej w fazie badania, w której zwiększano dawkę, i zmniejszały się, gdy u pacjentów uzyskiwano maksymalną tolerowaną dawkę lomitapidu. Pacjenci z HoFH. Bardzo często: zmniejszenie apetytu, biegunka, nudności, wymioty, dyskomfort w obrębie jamy brzusznej, dyspepsja, ból brzucha, ból w nadbrzuszu, wzdęcia z oddawaniem wiatrów, wzdęcie, zaparcie, zwiększenie aktywności AlAT, AspAT, zmniejszenie masy ciała. Często: zapalenie żołądka i jelit, zawroty głowy, ból głowy, migrenowy ból głowy, zapalenie żołądka, bolesne parcie na stolec, łykawica, częste parcie na stolec, odbijanie się, częste wypróżnienia, rozstrzeń żołądka, zaburzenia żołądka, choroba refluksowa przełyku, krwawienie z żylaków odbytu, zarzucanie kwaśnej treści żołądkowej do przełyku, stłuszczenie wątroby, hepatotoksyczność, powiększenie wątroby, wybroczyny, wykwity skórne, rumień, kępki żółte, zmęczenie, zwiększenie wartości INR, zwiększenie aktywności fosfatazy alkalicznej we krwi, zmniejszenie stężenia potasu we krwi, zmniejszenie stężenia karotenu, nieprawidłowe wartości INR, nieprawidłowe wyniki badań czynności wątroby, wydłużenie czasu protrombinowego, zwiększenie aktywności aminotransferaz, zmniejszenie stężenia witaminy E, zmniejszenie stężenia witaminy K. Częstość nieznana: odwodnienie, łysienie, ból mięśni. Pacjenci ze zwiększonym stężeniem LDL-C. Bardzo często: biegunka, nudności, wzdęcia z oddawaniem wiatrów. Często: zmniejszenie apetytu, ból w nadbrzuszu, wzdęcie, ból brzucha, wymioty, dyskomfort w obrębie jamy brzusznej, dyspepsja, odbijanie się, ból podbrzusza, częste wypróżnienia, kurcze mięśni, zmęczenie, osłabienie, zwiększenie aktywności AlAT, ApsAT, zwiększenie aktywności enzymów wątrobowych, nieprawidłowe wyniki badań czynności wątroby, zmniejszenie liczby neutrofili, zmniejszenie liczby białych krwinek. Niezbyt często: zapalenie żołądka i jelit, zakażenie żołądka i jelit, grypa, zapalenie nosogardzieli, zapalenie zatok przynosowych, niedokrwistość, odwodnienie, zwiększenie apetytu, parestezja, senność, obrzęk oka, zawroty głowy pochodzenia błędnikowego, zmiany w obrębie gardła, zespół kaszlu z górnych dróg oddechowych, suchość w jamie ustnej, twarde stolce, choroba refluksowa przełyku, tkliwość w obrębie jamy brzusznej, dyskomfort w nadbrzuszu, rozstrzeń żołądka, krwawe wymioty, krwotok z dolnego odcinka przewodu pokarmowego, refluksowe zapalenie przełyku, powiększenie wątroby, pęcherze, suchość skóry, nadmierna potliwość, ból stawów, ból mięśni, ból kończyn, obrzęk stawów, drżenie mięśni, krwiomocz, ból w klatce piersiowej, dreszcze, przedwczesne uczucie sytości, zaburzenia chodu, złe samopoczucie, gorączka, zmniejszenie masy ciała, zwiększenie stężenia bilirubiny we krwi, zwiększenie aktywności transpeptydazy gamma-glutamylowej, zwiększenie udziału procentowego neutrofili, białkomocz, wydłużenie czasu protrombinowego, nieprawidłowe wyniki badań czynności płuc, zwiększenie liczby białych krwinek.