Działania niepożądane są zwykle łagodne i przemijające, ustępują w czasie leczenia lub po zmniejszeniu dawki leku. Nie zawsze korelują ze stężeniem maprotyliny w osoczu, czy dawką leku. Często trudno odróżnić poszczególne działania niepożądane od objawów depresji, takich jak zmęczenie, zaburzenia snu, pobudliwość, niepokój, zaparcia lub suchość błony śluzowej jamy ustnej. Bardzo często: senność, zawroty głowy, bóle głowy, drżenie, drgawki kloniczne mięśni, suchość błony śluzowej jamy ustnej, uczucie zmęczenia. Często: wzmożony apetyt, niepokój ruchowy, niepokój, pobudzenie, mania, hipomania, zaburzenia libido, agresja, zaburzenia snu, bezsenność, koszmary nocne, depresja, uspokojenie, zaburzenia pamięci, zaburzenia uwagi, parestezje, upośledzenie wymowy, nieostre widzenie, zaburzenia akomodacji, tachykardia zatokowa, kołatanie serca, uderzenia gorąca, niedociśnienie ortostatyczne, nudności, wymioty, dolegliwości brzuszne, zaparcia, alergiczne zapalenie skóry, wysypka, pokrzywka, nadwrażliwość na światło, nadmierne pocenie się, osłabienie mięśni, zaburzenia mikcji, zaburzenia erekcji, gorączka, nadmierne zwiększenie masy ciała, nieprawidłowe wyniki w badaniu EKG (np. zmiany odstępu ST i załamka T), wzrost ciśnienia wewnątrzgałkowego. Rzadko: majaczenie, splątanie, omamy (zwłaszcza u pacjentów w podeszłym wieku), nerwowość, drgawki, akatyzja, ataksja, arytmia, biegunka, wzrost ciśnienia krwi, nieprawidłowe wyniki prób czynnościowych wątroby. Bardzo rzadko: próchnica zębów, leukopenia, agranulocytoza, eozynofilia, trombocytopenia, nieprawidłowe wydzielanie hormonu antydiuretycznego, hiponatremia, aktywacja objawów psychotycznych, depersonalizacja, dyskinezy, zaburzenia koordynacji, omdlenia, zaburzenia smaku, zaburzenia równowagi, szumy uszne, zaburzenia przewodzenia (np. poszerzenie zespołu QRS, blok odnogi pęczka Hisa, zmiany odstępu PQ), wydłużenie odstępu QT, tachykardia komorowa, migotanie komór, torsade de pointes, plamica, alergiczne zapalenie pęcherzyków płucnych (z eozynofilią lub bez eozynofilii), śródmiąższowe choroby płuc (np. podostre śródmiąższowe zapalenie płuc), skurcz oskrzeli, przekrwienie błony śluzowej nosa, zapalenie jamy ustnej, zapalenie wątroby (z żółtaczką lub bez żółtaczki), świąd, zapalenie naczyń skórnych, łysienie, rumień wielopostaciowy, zespół Stevensa-Johnsona, toksyczna nekroliza naskórka, zatrzymanie moczu, przerost piersi, mlekotok, obrzęk (miejscowy lub uogólniony), nieprawidłowe wyniki badania EEG, upadki. Podczas leczenia maprotyliną lub wkrótce po zakończeniu leczenia zgłaszano przypadki myśli samobójczych i zachowań samobójczych. Pacjenci w podeszłym wieku są szczególnie wrażliwi na działania antycholinergiczne, neurologiczne, psychiczne i sercowo-naczyniowe. Ich zdolność metabolizowania i wydalania substancji może być zmniejszona, co wiąże się z ryzykiem wystąpienia większych stężeń leku w osoczu podczas stosowania dawek terapeutycznych. Badania epidemiologiczne, obejmujące głównie pacjentów w wieku 50 lat i starszych wykazały zwiększone ryzyko złamań kości u pacjentów otrzymujących SSRI i pierścieniowe leki przeciwdepresyjne. Mechanizm prowadzący do takiego zwiększenia ryzyka jest nieznany. Sporadycznie po nagłym odstawieniu leku lub zmniejszeniu dawki obserwowano następujące objawy: nudności, wymioty, ból brzucha, biegunka, bezsenność, ból głowy, nerwowość, niepokój, nasilenie istniejącej depresji lub nawrót nastrojów depresyjnych.