Bardzo często: zapalenie błony śluzowej jamy ustnej, niestrawność, nudności, zmniejszenie łaknienia, ból brzucha, nieprawidłowe wyniki badań czynności wątroby (podwyższona aktywność ALAT, AspAT, fosfatazy zasadowej i bilirubiny). Często: leukopenia, niedokrwistość, małopłytkowość, ból głowy, zmęczenie, senność, zapalenie płuc, śródmiąższowe zapalenie pęcherzyków płucnych lub płuc często z towarzyszącą eozynofilią (objawy wskazujące na możliwość poważnego uszkodzenia płuc (śródmiąższowe zapalenie płuc): suchy kaszel bez odpluwania, duszność i gorączka), owrzodzenie błony śluzowej jamy ustnej, biegunka, osutka, rumień, świąd. Niezbyt często: zapalenie gardła, pancytopenia, ujawnienie się cukrzycy, depresja, splątanie, zawroty głowy, owrzodzenia i krwawienie z przewodu pokarmowego, zapalenie jelit, wymioty, zapalenie trzustki, marskość wątroby, zwłóknienie i zwyrodnienie tłuszczowe wątroby, zmniejszenie stężenia albumin w surowicy, reakcje nadwrażliwości na światło, utrata owłosienia, wzrost guzków reumatoidalnych, owrzodzenie skóry, półpasiec, zapalenie naczyń, opryszczkowe wykwity skórne, pokrzywka, bóle stawów, bóle mięśni, osteoporoza, zapalenie i owrzodzenie pęcherza moczowego, zaburzenie czynności nerek, zaburzenia mikcji, zapalenie i owrzodzenie pochwy. Rzadko: zakażenie (w tym reaktywacja utajonego zakażenia przewlekłego), posocznica, zapalenie spojówek, reakcje uczuleniowe, wstrząs anafilaktyczny, hipogammaglobulinemia, wahania nastroju, zaburzenia widzenia, zapalenie osierdzia, wysięk osierdziowy, tamponada osierdzia, hipotonia, incydenty zatorowo-zakrzepowe, zwłóknienie płuc, zapalenie płuc wywołane przez Pneumocystis jirovecii, duszność, astma oskrzelowa, nacieki opłucnowe, zapalenie dziąseł, ostre zapalenie wątroby, wzmożona pigmentacja, trądzik, wybroczyny, podbiegnięcia krwawe, alergiczne zapalenie naczyń, złamania przeciążeniowe, niewydolność nerek, skąpomocz, bezmocz, zaburzenia elektrolitowe, gorączka, upośledzenie gojenia ran. Bardzo rzadko: chłoniak (notowano pojedyncze przypadki chłoniaka i innych zaburzeń limfoproliferacyjnych, które w kilku przypadkach ustąpiły po zaprzestaniu leczenia metotreksatem), agranulocytoza, silne zahamowanie czynności szpiku kostnego, zaburzenia limfoproliferacyjne, ból, osłabienie mięśni lub parestezje lub niedoczulica, zmiany w odczuwaniu smaku (metaliczny posmak), drgawki, odczyn oponowy, ostre aseptyczne zapalenie opon mózgowych, porażenie, upośledzenie wzroku, retinopatia, krwawe wymioty, krwotok, toksyczne rozdęcie okrężnicy, niewydolność wątroby, zespół Stevensa-Johnsona, toksyczne martwicze oddzielanie się naskórka (zespół Lyella), nasilenie zmian pigmentacyjnych paznokci, ostra zanokcica, czyraczność, teleangiektazje, zmniejszenie libido, impotencja, ginekomastia, oligospermia, zaburzenia miesiączkowania, upławy. Częstość nieznana: eozynofilia, encefalopatia/leukoencefalopatia, krwawienie z nosa, krwawienie pęcherzykowe, łuszczenie się skóry (złuszczające zapalenie skóry), martwica kości szczęki (w przebiegu zaburzeń limfoproliferacyjnych), białkomocz, astenia, martwica w miejscu wstrzyknięcia, obrzęk w miejscu podania. Podskórnie podawane dawki metotreksatu są miejscowo dobrze tolerowane. Obserwowano jedynie łagodne miejscowe reakcje skórne (takie jak uczucie pieczenia, rumień, obrzęk, odbarwienie, świąd, silne swędzenie, ból), malejące podczas leczenia.