Bozentan jest induktorem CYP2C9, CYP3A4 oraz CYP2C19, może więc osłabiać skuteczności leków metabolizowanych przez te izoenzymy; może być konieczne dostosowania dawkowania takich leków po rozpoczęciu jednoczesnego leczenia bozentanem, zmianie dawki lub zaprzestaniu leczenia. Bozentan jest metabolizowany przez CYP2C9 oraz CYP3A4; inhibitory lub induktory tych izoenzymów mogą wpływać na stężenie bozentanu we krwi. Flukonazol (inhibitor głównie CYP2C9, ale także w pewnym stopniu CYP3A4) istotnie zwiększa stężenie bozentanu we krwi - nie zaleca się jednoczesnego stosowania tych leków. Z tego samego powodu nie zaleca się jednoczesnego podawania silnych inhibitorów CYP3A4 (itrakonazol, rytonawir) oraz inhibitorów CYP2C9 (worykonazol) z bozentanem. Ketokonazol (silny inhibitor CYP3A4) zwiększa ok. 2-krotnie stężenie bozentanu we krwi - nie ma konieczności dostosowania dawki bozentanu. Niemniej jednak, u pacjentów z wolnym metabolizmem związanym z CYP2C9, przyjmujących jednocześnie inhibitory CYP3A4, istnieje ryzyko większego wzrostu stężenia bozentanu we krwi, mogącego prowadzić do potencjalnie szkodliwych zdarzeń niepożądanych. Cyklosporyna A (inhibitor kalcyneuryny) hamuje wychwyt bozentanu za pośrednictwem białka transportującego przez hepatocyty, powodując zwiększenie stężenia bozentanu we krwi (początkowe najmniejsze stężenia bozentanu ok. 30-krotnie zwiększone; w stanie stacjonarnym ok. 3-4-krotnie zwiększone) - jednoczesne podawanie bozentanu i cyklosporyny A jest przeciwwskazane. Stężenie cyklosporyny A (substrat CYP3A4) we krwi zmniejsza się o ok. 50%, co jest najprawdopodobniej wywołane indukcją CYP3A4 przez bozentan. Takrolimus, syrolimus mogą także zwiększać stężenie bozentanu, podobnie do cyklosporyny; bozentan może zmniejszać stężenie takrolimusu i syrolimusu - nie jest zalecane jednoczesne podawanie bozentanu i takrolimusu lub syrolimusu; jeżeli takie połączenie jest konieczne, pacjentów należy dokładnie obserwować pod kątem nasilenia toksyczności bozentanu oraz pod kątem zmian stężenia takrolimusu i syrolimusu we krwi. Bozentan zmniejsza stężenie glibenklamidu (substrat CYP3A4), osłabiając jego działanie hipoglikemizujące, zmniejsza się także stężenie bozentanu we krwi, a u pacjentów otrzymujących takie leczenie skojarzone częściej obserwowano zwiększoną aktywności aminotransferaz (zarówno glibenklamid, jak i bozentan hamują wydzielanie soli kwasów żółciowych) - nie należy stosować tych leków jednocześnie. Brak danych dotyczących interakcji innych pochodnych sulfonylomocznika. Ryfampicyna (silny induktor CYP2C9 i CYP3A4) znacznie zmniejsza stężenie bozentanu we krwi - nie zaleca się jednoczesnego stosowania ryfampicyny z bozentanem. Nie ma danych dotyczących innych induktorów CYP3A4, takich jak karbamazepina, fenobarbital, fenytoina oraz ziele dziurawca, niemniej oczekuje się, że ich jednoczesne podawanie prowadzi do zmniejszenia ogólnoustrojowej ekspozycji na bozentan i zmniejszenia jego skuteczności. Lopinawir z rytonawirem (i inne wzmacniane rytonawirem inhibitory proteazy) istotnie zwiększają stężenie bozentanu we krwi (początkowe najmniejsze stężenia bozentanu ok. 48-krotnie zwiększone; w dniu 9. ok. 5-krotnie zwiększone), co jest najprawdopodobniej spowodowane hamowaniem przez rytonawir wychwytu za pośrednictwem białka transportującego przez hepatocyty oraz hamowaniem CYP3A4 - podczas jednoczesnego stosowania wzmacnianych rytonawirem inhibitorów proteaz oraz bozentanu należy monitorować tolerancję bozentanu. Bozentan natomiast może istotnie zmniejszać stężenie inhibitorów proteaz wzmocnionych rytonawirem (indukcja CYP), w tym lopinawiru podawanego z rytonawirem - zaleca się właściwe monitorowanie leczenia zakażenia wirusem HIV. Nie ma specyficznych zaleceń dotyczących innych dostępnych leków przeciwretrowirusowych. Ze względu na znaczną hepatotoksyczność newirapiny, która w obecności bozentanu może prowadzić do addytywnego toksycznego działania na wątrobę, nie zaleca się jednoczesnego podawania tych leków. Bozentan może osłabiać skuteczność hormonalnych środków antykoncepcyjnych - stosowanie hormonalnych środków antykoncepcyjnych jako jedynej metody antykoncepcji, bez względu na drogę podania (tzn. doustne, podawane we wstrzyknięciach, systemy transdermalne lub implanty) nie jest uważane za skuteczną metodę antykoncepcji. Bozentan zmniejsza stężenia we krwi zarówno S-warfaryny (substrat CYP2C9) oraz R-warfaryny (substrat CYP3A4), jednak jednoczesne podawanie bozentanu i warfaryny pacjentom z nadciśnieniem płucnym nie prowadzi do istotnych klinicznie zmian w wielkości wskaźnika INR ani w wielkości dawki warfaryny - nie ma konieczności dostosowania dawki warfaryny ani podobnych leków przeciwzakrzepowych podawanych doustnie podczas rozpoczynania leczenia bozentanem, jednakże zaleca się częste monitorowanie wskaźnika INR, szczególnie w czasie rozpoczynania podawania bozentanu i w okresie początkowego zwiększania jego dawki. Bozentan zmniejsza stężenie symwastatyny (substrat CYP3A4) oraz jej aktywnego metabolitu - β-hydroksykwasu we krwi; symwastatyna nie ma wpływu na stężenie bozentanu we krwi - należy rozważyć dostosowanie dawkowania zgodnie z kontrolowanymi wartościami stężenia cholesterolu. Bozentan zmniejsza wartość AUC syldenafilu; syldenafil zwiększa wartość AUC bozentanu - zachować ostrożność podczas jednoczesnego stosowania. Bozentan zmniejsza wartość AUC, Cmax i Cmin digoksyny (indukcja p-glikoproteiny) - jest mało prawdopodobne, aby ta interakcja miała jakieś znaczenie kliniczne. Nie obserwowano klinicznie istotnych interakcji z epoprostenolem.