Wykazano, że desfluran potencjalnie może wyzwalać hipertermię złośliwą. Sygnałem wystąpienia tego zespołu klinicznego jest hiperkapnia. Zespół ten może obejmować sztywność mięśni, tachykardię, szybkie oddychanie, sinicę, zaburzenia rytmu serca i (lub) niestabilne ciśnienie krwi. Niektóre z niespecyficznych objawów przedmiotowych mogą też wystąpić podczas lekkiego znieczulenia. Są to ostra hipoksja, hiperkapnia oraz hipowolemia. Leczenie hipertermii złośliwej obejmuje przerwanie podawania czynników wywołujących ten stan, dożylne podawanie dantrolenu sodu oraz zastosowanie leczenia wspomagającego. Stosowanie wziewnych środków znieczulających, w tym desfluranu, było związane z rzadko występującym zwiększeniem stężenia potasu w surowicy krwi, powodującym zaburzenia rytmu serca, niekiedy ze skutkiem śmiertelnym, u pacjentów w okresie pooperacyjnym. Wydaje się, że najbardziej podatni na ten stan są pacjenci z utajoną lub jawną dystrofią mięśni, szczególnie z dystrofią mięśni Duchenne`a. Równoczesne stosowanie chlorku suksametonium było związane z większością tych przypadków, ale nie ze wszystkimi. U tych pacjentów występowało też znaczące zwiększenie aktywności kinazy kreatyninowej w surowicy krwi, a w niektórych przypadkach zmiany w moczu o obrazie odpowiadającym mioglobinurii. Pomimo podobieństwa do objawów hipertermii złośliwej, u żadnego z tych pacjentów nie wystąpiły przedmiotowe ani podmiotowe objawy sztywności mięśni czy stanu hipermetabolizmu. Zaleca się wczesne rozpoczęcie agresywnej interwencji w celu leczenia hiperkaliemii i opornych zaburzeń rytmu serca, a następnie badanie pod kątem utajonej choroby nerwowo-mięśniowej. Desfluran należy ostrożnie stosować u dzieci, które chorują na astmę lub u których niedawno wystąpiło zakażenie górnych dróg oddechowych, ze względu na możliwość zwężenia dróg oddechowych i zwiększenia ich oporu. Ze względu na ograniczoną ilość dostępnych danych dla niezaintubowanych dzieci, desfluran nie jest zatwierdzony do stosowania w celu podtrzymania znieczulenia u niezaintubowanych dzieci. Należy zachować ostrożność przy stosowaniu desfluranu w celu podtrzymania znieczulenia z zastosowaniem maski krtaniowej w szczególności u dzieci w wieku do 6 lat ze względu na zwiększone ryzyko wystąpienia reakcji niepożądanej ze strony układu oddechowego, np. kaszlu i skurczu krtani, szczególnie jeśli maska krtaniowa jest zdejmowana w warunkach głębokiego znieczulenia. Ze względu na ograniczoną liczbę przebadanych pacjentek nie ustalono bezpieczeństwa desfluranu przy stosowaniu w zabiegach położniczych. Desfluran powoduje rozluźnienie mięśni macicy i zmniejsza przepływ krwi w krążeniu maciczno-łożyskowym. Należy zachować ostrożność podczas podawania desfluranu pacjentom podatnym na wydłużenie odcinka QT. Podobnie jak ma to miejsce w przypadku innych znieczulających środków halogenowych, desfluran może powodować alergiczne zapalenie wątroby u pacjentów uczulonych wskutek wcześniejszego kontaktu z halogenowymi anestetykami. Marskość wątroby, wirusowe zapalenie wątroby oraz inne wcześniej istniejące choroby wątroby mogą być przyczyną wyboru innego anestetyku niż środki halogenowe. Desfluran, podobnie jak inne lotne anestetyki, może powodować u pacjentów ze zmianami chorobowymi o charakterze rozrostowym w obrębie OUN, zależny od dawki wzrost ciśnienia płynu mózgowo-rdzeniowego. Przeprowadzone badania dotyczące chorych z guzami nadnamiotowymi wskazują, że desfluran w stężeniu 1 MAC prowadzi do wzrostu ciśnienia śródczaszkowego, stąd w razie konieczności stosowania tego anestetyku, MAC powinien wynosić 0,8 MAC lub mniej i być połączony z indukcją barbituranami oraz z umiarkowaną hiperwentylacją (hipokapnią) do czasu odbarczenia mózgu. Szczególną uwagę należy zwracać na utrzymywanie ciśnienia perfuzji mózgowej. U pacjentów chorych na chorobę wieńcową ważne jest utrzymanie normalnej hemodynamiki w celu uniknięcia niedokrwienia mięśnia sercowego. Znaczne wzrosty tętna, średniego ciśnienia tętniczego oraz stężeń epinefryny i norepinefryny są powiązane z gwałtownym wzrostem stężeń desfluranu. Nie należy stosować desfluranu jako jedynego środka do indukcji znieczulenia u pacjentów z grupy ryzyka choroby wieńcowej oraz u osób, u których wzrosty częstości akcji serca lub ciśnienia krwi są niepożądane. Desfluran należy stosować z innymi lekami, najlepiej z dożylnymi opioidami i lekami nasennymi. Podczas podtrzymania znieczulenia, po szybkim przyrostowym podwyższeniu końcowo-wydechowego stężenia desfluranu, wzrost częstości akcji serca i ciśnienia krwi może nie oznaczać niedostatecznego znieczulenia. Zmiany wynikające z aktywacji współczulnej ustępują w ciągu ok. 4 minut. Wzrost częstości akcji serca i ciśnienia krwi występujący przed szybkim wzrostem stężenia desfluranu lub w przypadku braku takiego szybkiego wzrostu można interpretować jako lekkie znieczulenie. Niedociśnienie tętnicze i depresja oddechowa nasilają się w miarę pogłębiania znieczulenia. Należy wziąć pod uwagę szybkie wybudzenie przy stosowaniu desfluranu w przypadkach, w których przewiduje się ból poznieczuleniowy. Należy zadbać o to, by na zakończenie zabiegu lub na wczesnym etapie pobytu na oddziale opieki poznieczuleniowej zastosować u pacjenta odpowiednią analgezję. Podobnie jak w przypadku wszystkich anestetyków halogenowych należy z ostrożnością podchodzić do powtarzania znieczulenia w krótkim odstępie czasu. Stosowanie desfluranu u pacjentów z hipowolemią, obniżonym ciśnieniem tętniczym i ogólnie osłabionych nie było szczegółowo badane. Podobnie jak w przypadku innych, silnych, wziewnych środków znieczulających u tej grupy pacjentów zaleca się stosowanie mniejszych stężeń leku.