Bardzo często: infekcja (w tym infekcja górnych dróg oddechowych, zapalenie oskrzeli, zapalenie pęcherza, infekcja skórna), ból głowy, reakcje w miejscu wstrzyknięcia (w tym krwawienie, zasinienie, rumień, świąd, ból, obrzęk). Często: reakcje alergiczne, powstawanie autoprzeciwciał, świąd, wysypka, gorączka. Niezbyt często: ciężkie infekcje (w tym zapalenie płuc, zapalenie tkanki łącznej, bakteryjne zapalenie stawów, posocznica i zarażenia pasożytnicze), nieczerniakowy rak skóry, trombocytopenia, anemia, leukopenia, neutropenia, zapalenie naczyń (w tym zapalenie naczyń z obecnością przeciwciał przeciwko cytoplazmie granulocytów obojętnochłonnych (ANCA)), zapalenie błony naczyniowej oka, zapalenie twardówki, nasilenie objawów zastoinowej niewydolności serca, nieswoiste zapalenie jelit, zwiększona aktywność enzymów wątrobowych, obrzęk naczynioruchowy, łuszczyca (w tym nowe zachorowanie lub nasilenie oraz łuszczyca krostkowa, głównie dłoni i stóp), pokrzywka, zmiany łuszczycopodobne. Rzadko: gruźlica, zakażenie oportunistyczne (w tym zakażenia: inwazyjne grzybicze, pierwotniakowe, bakteryjne, atypowe mykobakteryjne, wirusowe i Legionella), czerniak, chłoniak, białaczka, pancytopenia, ciężkie reakcje alergiczne/anafilaktyczne (w tym obrzęk naczynioruchowy, skurcz oskrzeli), sarkoidoza, przypadki zespołów demielinizacyjnych OUN (takie jak stwardnienie rozsiane lub ograniczone zespoły demielinizacji jak zapalenie nerwu wzrokowego i poprzeczne zapalenie rdzenia), przypadki obwodowych polineuropatii demielinizacyjnych (w tym zespół Guillaina-Barrego, przewlekła zapalna polineuropatia demielinizacyjna, polineuropatia demielinizacyjna i wieloogniskowa neuropatia ruchowa), drgawki, nowo rozpoznana zastoinowa niewydolność serca, choroba śródmiąższowa płuc (w tym zapalenie płuc oraz zwłóknienie płuc), immunologiczne zapalenie wątroby, zespół Stevensa-Johnsona, zapalenie naczyń skóry (w tym zapalenie naczyń z nadwrażliwości), rumień wielopostaciowy, reakcje liszajowate, skórny toczeń rumieniowaty, podostry skórny toczeń rumieniowaty, zespół toczniopodobny. Bardzo rzadko: niedokrwistość aplastyczna, toksyczne martwicze oddzielanie się naskórka. Częstość nieznana: reaktywacja zakażenia wirusem zapalenia wątroby typu B, listerioza, rak z komórek Merkla, mięsak Kaposiego, histiocytoza z erytrofagocytozą (zespół aktywacji makrofagów), nasilenie objawów zapalenia skórno-mięśniowego. Równoczesne stosowanie etanerceptu i anakinry było związane z występowaniem ciężkich zakażeń i neutropenii. Również stosowanie etanerceptu z abataceptem prowadziło do zwiększenia liczby przypadków ciężkich działań niepożądanych. Działania niepożądane występujące u dzieci i młodzieży z młodzieńczym idiopatycznym zapaleniem stawów były podobne pod względem częstości występowania i rodzaju do zdarzeń niepożądanych obserwowanych u pacjentów dorosłych.