W badaniach klinicznych z częstością 1% lub większą obserwowano następujące działania niepożądane: zmęczenie, zawroty głowy, ból głowy, ból brzucha, suchość błony śluzowej jamy ustnej, nudności, senność (w większości przypadków o nasileniu łagodnym do umiarkowanego), zapalenie gardła. Działania niepożądane występujące z częstością 1% lub większą u dzieci w wieku od 6 mies. do 12 lat, stwierdzone w badaniach klinicznych to: biegunka, senność, zapalenie błony śluzowej nosa, zmęczenie. Działania niepożądane obserwowane po wprowadzeniu leku do obrotu. Niezbyt często: pobudzenie, parestezja, biegunka, świąd, wysypka, osłabienie, złe samopoczucie. Rzadko: reakcje nadwrażliwości, drgawki, zachowanie agresywne, splątanie, depresja, omamy, bezsenność, drgawki, tachykardia, nieprawidłowa czynność wątroby (zwiększona aktywność aminotransferaz, fosfatazy alkalicznej, GGTP i zwiększone stężenie bilirubiny), pokrzywka, obrzęki, zwiększenie masy ciała. Bardzo rzadko: trombocytopenia, wstrząs anafilaktyczny, tiki, zaburzenia smaku, omdlenie, drżenie, dystonia, dyskineza, zaburzenia akomodacji, niewyraźne widzenie, napad przymusowego patrzenia w górę z rotacją gałek, obrzęk naczynioruchowy, wysypka polekowa, bolesne lub utrudnione oddawanie moczu, mimowolne oddawanie moczu. Częstość nieznana: zwiększenie apetytu, myśli samobójcze, koszmary senne, amnezja, osłabienie pamięci, zawroty głowy pochodzenia błędnikowego, zapalenie wątroby, ostra uogólniona osutka krostkowa, bóle stawów, bóle mięśni, zatrzymanie moczu. Zgłaszano przypadki świądu (intensywnego swędzenia) i (lub) pokrzywki po przerwaniu stosowania cetyryzyny.